若借款已还清但对方拒绝出具结清证明，可通过以下方式解决：

1. 协商补充书面证据
   首先建议与对方再次沟通，明确说明结清证明对双方的法律意义（如避免后续纠纷、确认债权消灭等）。可主动提出由你方起草证明文本，仅需对方签字确认即可，降低对方配合难度。若对方仍拒绝，需立即固定其他还款证据。

2. 固定还款事实的替代证据
   根据《民法典》第六百七十五条，借款人还款后，债权债务关系即终止。若对方拒不出具证明，需通过其他证据链证明还款事实：

   • 转账记录：银行流水、支付平台交易明细需标注”还款”用途，若未标注可补充情况说明；
     
   • 沟通记录：保存微信、短信、邮件中对方承认”已还清”的聊天记录或录音；
     
   • 证人证言：若有第三方见证还款过程，可出具书面证词；
     
   • 收条原件：若对方曾出具收条，需妥善保管作为直接证据。

3. 发送律师函催告
   若对方恶意拖延，可委托律师向对方发送正式函件，明确：

   • 列明还款时间、金额、方式等关键事实；
     
   • 要求对方在指定期限内出具结清证明或书面确认债务消灭；
     
   • 警示若拒不配合，将通过诉讼方式确认债权消灭并主张赔偿。
     律师函具有法律威慑力，常能推动对方配合。

4. 提起确认之诉
   若对方始终否认还款事实或拒绝出具证明，可向法院提起债权债务消灭确认之诉，请求判决确认双方借款合同已履行完毕。需准备：

   • 借款合同原件；
     
   • 还款证据（如转账记录、收条等）；
     
   • 沟通记录证明对方拒不出具证明；
     
   • 其他辅助证据（如证人证言）。
     法院判决生效后，可强制要求对方出具结清证明或直接作为债务消灭的法定凭证。

风险提示：

• 若无法固定还款证据，可能面临对方反诉”未还款”的风险，需尽快通过上述方式补强证据；
  
• 诉讼程序需耗费时间成本，建议优先通过协商、律师函等非诉方式解决；
  
• 日常借贷中，建议还款时通过银行转账并备注”还款”，同步要求对方出具收条，从源头规避风险。
  

如有进一步证据固定或诉讼程序问题，可直接向我咨询具体操作方案。