国有土地上违法建筑的认定主要依据《中华人民共和国城乡规划法》的相关规定，而处罚程序则涉及多个环节和可能的处罚措施。以下是对这一问题的详细解答：
一、违法建筑的认定
未取得建设工程规划许可证：
- 根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条，未取得建设工程规划许可证进行建设的，属于违法建设行为。这是认定违法建筑的主要依据之一。
未按照建设工程规划许可证的规定进行建设：
- 同样依据该法条，即使取得了建设工程规划许可证，但未按照许可证的规定进行建设的，也视为违法建设行为。这包括建设位置、建设规模、建设高度等方面的违规。
违反城乡规划：
- 违法建筑通常还涉及违反城乡规划的要求，如占用公共绿地、影响城市景观、破坏历史文化遗产等。这些也是认定违法建筑时需要考虑的因素。
二、处罚程序
责令停止建设：
- 一旦发现违法建设行为，县级以上地方人民政府城乡规划主管部门会首先责令停止建设，以防止违法行为的继续扩大。
限期改正与罚款：
- 对于尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的违法建筑，主管部门会限期改正，并处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款。这通常适用于一些轻微的违规行为，如建设位置略有偏差但不影响整体规划的情况。
限期拆除：
- 对于无法采取改正措施消除影响的违法建筑，主管部门会限期拆除。这通常适用于严重违反规划、影响城市安全或公共利益的建筑，如占用消防通道、影响交通等。
没收实物或违法收入：
- 在某些情况下，如果违法建筑无法拆除或拆除后无法恢复原状，主管部门可能会没收实物或违法收入，并可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。这通常适用于一些具有特殊价值或难以拆除的建筑。
行政处分与刑事责任：
- 对于违法建设行为的直接责任人员，如建设单位、施工单位的相关负责人，主管部门会依法给予行政处分。如果违法行为构成犯罪，如非法占用农用地罪等，还会依法追究刑事责任。
三、特殊情形下的处罚
乡、村庄规划区内的违法建设：
- 根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十五条，在乡、村庄规划区内未依法取得乡村建设规划许可证或者未按照乡村建设规划许可证的规定进行建设的，由乡、镇人民政府责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除。这与城市规划区内的处罚程序略有不同，但同样严格。
涉及历史文化遗产的违法建设：
- 如果违法建筑涉及历史文化遗产的保护区域或影响历史文化遗产的真实性和完整性，处罚程序可能会更加严格。主管部门可能会联合文物部门进行查处，并采取更加严厉的处罚措施。
四、法律建议
遵守城乡规划法律法规：
- 在进行建设活动时，务必确保已经取得相应的建设工程规划许可证或乡村建设规划许可证，并按照许可证的规定进行建设。这是避免违法建筑的最有效方法。
及时咨询与沟通：
- 如果对城乡规划法律法规或建设许可程序有疑问，建议及时咨询当地城乡规划主管部门或专业律师。他们可以提供详细的法律解释和指导，帮助避免违法行为的发生。
积极配合查处工作：
- 如果被认定为违法建筑并受到查处，建议积极配合主管部门的工作，按照要求限期改正或拆除。这有助于减少损失和避免更加严厉的处罚。
国有土地上违法建筑的认定和处罚程序是一个复杂而严格的过程。作为建设单位或个人，务必遵守相关法律法规，确保建设活动的合法性和合规性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。