结论：在借条上写了利息，但后续双方又协商了不一样的利息的情况下，如果起诉，利息的认定会依据具体情况而定，一般以双方最后协商一致的利息为准，但该协商利息不得超过法定上限，且需要有证据证明协商事实的存在。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律原则与规定
意思自治原则：在民事法律关系中，双方当事人有权在法律允许的范围内自由约定合同内容，包括利息。因此，如果双方在借条签订后，又通过协商变更了利息，且该变更不违反法律强制性规定，那么应以双方最后协商一致的利息为准。
法定利息上限：根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》，民间借贷的利率有法定上限，即不得超过合同成立时一年期贷款市场报价利率的四倍。如果双方协商的利息超过了这一上限，超出部分将不受法律保护。
二、证据认定
协商事实的证明：要使法院认定双方已经协商变更了利息，需要提供充分的证据来证明这一事实。这可能包括书面协议、聊天记录、录音录像等。如果无法提供足够证据，法院可能会依据借条上的原始利息进行判决。
证据的合法性：提供的证据必须合法有效，不能是通过非法手段获取的。否则，即使证据能够证明协商事实的存在，也可能因为证据的非法性而不被法院采纳。
三、实际操作建议
保留协商证据：在协商变更利息时，建议双方签订书面协议或保留其他形式的证据，以便在发生纠纷时能够证明协商事实的存在。
注意利息上限：在协商利息时，要确保利息不超过法定上限，以免超出部分不受法律保护。
及时咨询律师：如果对于利息的协商或借条的签订存在疑问，建议及时咨询专业律师，以确保自身权益得到保障。
四、可能面临的法律后果
如果协商利息合法有效：且能够提供充分证据证明协商事实的存在，那么法院在判决时将会以双方最后协商一致的利息为准。
如果协商利息无效或无法证明：法院可能会依据借条上的原始利息进行判决。如果原始利息也超过了法定上限，那么超出部分同样不受法律保护。
举例说明：假设借条上原本约定的利息是年利率15%，但后续双方协商变更为年利率10%，并签订了书面协议。在起诉时，如果能够提供这份书面协议作为证据，且年利率10%未超过法定上限，那么法院将会以年利率10%作为判决依据。
总结与建议：在处理民间借贷纠纷时，关于利息的认定是一个复杂而重要的问题。为了确保自身权益得到保障，建议在协商变更利息时保留充分证据，并注意利息的合法性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。