关于《民法典》中诉讼时效与约定关系的核心结论：

1. 有约定且排除诉讼时效适用的情形
   《民法典》第一百九十七条明确规定：“诉讼时效的期间、计算方法以及中止、中断的事由由法律规定，当事人约定无效。当事人对诉讼时效利益的预先放弃无效。”
   法律逻辑：诉讼时效属于强制性规定，旨在维护法律秩序的稳定性和交易安全。若允许当事人通过约定排除诉讼时效，可能导致权利义务长期处于不确定状态，损害公共利益。因此，任何试图通过合同条款完全排除诉讼时效适用的约定均无效。
   例外情形：若约定仅涉及诉讼时效的“起算点”（如约定自特定事件发生后开始计算时效），而非完全排除时效，可能被认定为有效。但需结合具体条款和履行情况综合判断。

2. 有约定但未排除诉讼时效的情形
   若合同中仅约定了履行期限（如“甲方应于2023年1月1日前支付货款”），但未涉及诉讼时效的排除或变更，则诉讼时效仍依法定规则计算：

   • 普通诉讼时效：根据《民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年，自权利人知道或应当知道权利受损之日起计算。
     
   • 最长保护期：自权利受损之日起超过二十年的，法院不予保护（特殊情况可延长）。
     示例：若合同约定“乙方需在2022年12月31日前交付货物”，但未约定时效问题，则甲方主张违约责任的时效自2023年1月1日起算三年。

深度分析与建议：

• 合同条款设计风险：若当事人试图通过约定“本合同不受诉讼时效限制”等条款规避法律，该条款可能被认定无效，但合同其他部分仍有效。建议通过明确履行期限、违约责任等条款间接督促对方履约，而非直接排除时效。
  
• 时效中断的约定：当事人可约定触发时效中断的事由（如“双方协商一致延长履行期”），此类约定不违反法律强制性规定，通常有效。
  
• 实务操作建议：在合同中明确约定履行期限、验收标准及违约责任，同时保留书面催告记录（如邮件、律师函），以固定时效中断证据。

进一步思考依据：
若您遇到具体合同纠纷（如对方以时效抗辩拒绝履约），可提供合同条款及履行细节，我将结合《民法典》及相关司法解释，为您分析时效计算、抗辩权行使及诉讼策略。