在民事案件中，若鉴定结论表明两枚印章不是同一枚印章，这主要涉及到证据的认定与民事诉讼法的相关规定。以下从几个关键角度进行分析：

1. 证据的认定：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，证据应当具有客观性、关联性和合法性。印章鉴定结论作为专业机构出具的专业意见，通常被视为具有较高证明力的证据。
   • 当鉴定结论表明两枚印章不是同一枚时，这意味着在物理特征上，这两枚印章存在显著差异，无法认定为同一枚印章。这一结论将直接影响法院对案件事实的认定。

2. 对案件事实的影响：

   • 印章在民事活动中往往作为身份或权力的象征，用于确认文件的真实性或授权行为。因此，印章的真实性直接关系到相关民事法律行为的效力。
   • 若鉴定结论表明两枚印章不是同一枚，且其中一枚印章与案件关键事实（如合同签订、授权委托等）相关联，那么法院可能会基于这一结论，对相关民事法律行为的效力、当事人的责任承担等作出相应判断。

3. 民事诉讼法的具体规定：

   • 虽然《中华人民共和国民事诉讼法》并未直接规定印章鉴定的具体程序或结论的效力，但该法规定了证据的提交、审查、质证和认定等一般程序。
   • 在诉讼过程中，当事人可以委托专业机构对印章进行鉴定，并将鉴定结论作为证据提交给法院。法院将根据鉴定结论的客观性、关联性和合法性，结合其他证据，对案件事实进行综合认定。
   • 若一方当事人对鉴定结论有异议，可以申请重新鉴定或提供其他证据进行反驳。法院将根据双方当事人的举证和质证情况，决定是否采纳鉴定结论或其他证据。

4. 实践中的注意事项：

   • 在选择鉴定机构时，应确保其具有相应的资质和信誉，以保证鉴定结论的客观性和准确性。
   • 在提交鉴定结论作为证据时，应确保鉴定结论的完整性和真实性，避免篡改或伪造。
   • 在诉讼过程中，应积极配合法院的调查和询问，就鉴定结论的有关问题提供充分的解释和说明。

总结来说，在民事案件中，若鉴定结论表明两枚印章不是同一枚印章，这将直接影响法院对案件事实的认定和相关民事法律行为的效力判断。当事人应充分了解民事诉讼法的相关规定和证据认定原则，积极委托专业机构进行鉴定，并在诉讼过程中提供充分的证据和解释，以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。