针对“司机贪车费，公司罚款怎么处理”这一问题，核心结论需分情况讨论，具体如下：

1. 公司罚款的合法性前提
   根据《劳动合同法》第二十五条，用人单位仅在两种情形下可对劳动者主张违约金：一是劳动者违反服务期约定，二是劳动者违反竞业限制约定。若司机贪车费行为不涉及上述情形，公司直接罚款可能涉嫌违法。但若公司规章制度明确将“贪污车费”列为严重违反劳动纪律的行为，并依据《劳动合同法》第三十九条解除劳动合同（而非罚款），则属于合法操作。

2. 公司罚款的替代性处理方式
   若公司希望追究司机责任，可通过以下合法途径：

   • 要求赔偿损失：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按劳动合同约定要求赔偿，赔偿金额可从工资中扣除，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%，且扣除后工资不得低于当地最低工资标准。
     
   • 解除劳动合同：若司机行为构成“严重违反用人单位规章制度”或“严重失职、营私舞弊给用人单位造成重大损害”，公司可依据《劳动合同法》第三十九条单方解除劳动合同，且无需支付经济补偿。
     
   • 刑事追责：若贪污车费金额达到刑事立案标准（如职务侵占罪6万元以上），公司可向公安机关报案，由司法机关追究其刑事责任。

3. 司机维权路径
   若司机认为公司罚款违法，可采取以下措施：

   • 与公司协商：要求公司出示罚款依据的规章制度，并核对其是否经过民主程序制定、是否公示或告知劳动者。
     
   • 申请劳动仲裁：若协商无果，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，主张公司返还罚款并赔偿损失。
     
   • 投诉举报：向当地劳动监察部门投诉公司违法罚款行为。

建议：公司应优先通过完善规章制度、明确损失赔偿条款等方式规避风险；司机若遭遇违法处罚，应及时收集证据（如工资条、罚款通知、规章制度等）维护权益。具体操作需结合案件细节，如有疑问可直接向我咨询。