公交车司机贪污1000元，一般不构成贪污罪，但可能面临行政处罚或公司内部纪律处分；若涉及职务侵占，可能面临治安处罚或刑事处罚（视具体数额和情节而定）。以下是详细分析：

1. 贪污罪的构成要件及不构成贪污罪的原因
   根据《中华人民共和国刑法》第三百八十二条，贪污罪是指国家工作人员利用职务上的便利，侵吞、窃取、骗取或者以其他手段非法占有公共财物的行为。公交车司机通常不属于国家工作人员（除非是国有公交公司中从事公务的人员，但这种情况较为少见），且贪污1000元的数额也未达到贪污罪的立案标准（一般为3万元以上，特殊情形下为1万元以上），因此一般不构成贪污罪。

2. 可能面临的行政处罚或公司内部纪律处分
   如果公交车司机的行为被认定为违反公司规章制度或行业规范，公司可能会根据内部规定对其进行纪律处分，如警告、罚款、解雇等。同时，如果其行为违反了《中华人民共和国治安管理处罚法》的相关规定（如盗窃、诈骗等，但需具体情节符合），可能面临行政拘留、罚款等行政处罚。不过，就贪污1000元这一具体行为而言，直接适用治安处罚的情形较为少见，更多可能是公司内部处理。

3. 若涉及职务侵占的可能后果
   如果公交车司机利用职务上的便利，将公司财物非法占为己有，数额较大（一般为6万元以上），则可能构成职务侵占罪。但本题中贪污数额仅为1000元，未达到职务侵占罪的立案标准。不过，如果公司或相关部门认为其行为性质恶劣，即使数额不大，也可能依据《中华人民共和国治安管理处罚法》或公司内部规定进行相应处理。此外，如果司机多次贪污或与其他违法行为结合，可能面临更严重的法律后果。

建议：

• 对于公交车司机而言，应严格遵守公司规章制度和法律法规，切勿因小失大。
  
• 对于公司而言，应加强内部管理，完善监督机制，防止类似行为的发生。
  
• 如果涉及具体法律纠纷或需要进一步了解相关法律后果，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细解答。