结论：在合同未约定初步设计而直接进行施工图设计的情况下，设计费是否应扣减，需根据具体合同条款、实际履行情况、双方过错程度以及行业惯例等多方面因素综合判断。以下从不同角度进行分析：
合同条款的明确性：
- 若合同中明确约定了设计流程，包括初步设计阶段及其费用，而实际履行中跳过了初步设计阶段，则发包方有权依据合同条款主张扣减相应设计费。这是因为合同是双方意思表示一致的产物，具有法律约束力，双方应严格按照合同约定履行义务。
- 若合同中未明确约定设计流程或初步设计阶段，则难以直接依据合同条款主张扣减设计费。此时，需结合实际履行情况、行业惯例以及双方过错程度等因素进行综合判断。
实际履行情况：
- 若施工图设计是在没有初步设计的基础上直接进行的，且该施工图设计满足了工程需求，未导致工程质量问题或额外成本增加，则发包方主张扣减设计费的依据可能不足。因为在此情况下，设计方已完成了合同约定的主要义务，即提供了符合要求的施工图设计。
- 若施工图设计因缺乏初步设计而导致设计不合理、存在安全隐患或需要额外修改等，则发包方有权要求设计方承担相应责任，并可能主张扣减部分设计费以弥补损失。
双方过错程度：
- 若设计方在未进行初步设计的情况下直接进行施工图设计，且该行为未得到发包方的明确同意或认可，则设计方可能存在一定的过错。在此情况下，发包方有权根据过错程度主张扣减部分设计费。
- 若发包方在合同签订后未对设计流程提出明确要求，或在设计方未进行初步设计时未提出异议，则发包方也可能存在一定的过错。此时，扣减设计费的请求可能因双方均有过错而得到部分支持或不予支持。
行业惯例与公平原则：
- 在建设工程领域，初步设计通常是施工图设计的前提和基础。若合同未约定初步设计阶段，但行业惯例或公平原则要求应进行初步设计，则设计方未进行初步设计可能构成违约或违反公平原则。在此情况下，发包方有权主张扣减部分设计费以维护自身合法权益。
司法裁判案例参考：
- 在某具体案例中，法院认为虽然合同未明确约定初步设计阶段，但根据行业惯例和公平原则，设计方应进行初步设计。由于设计方未进行初步设计而直接进行施工图设计，导致设计存在不合理之处并需要额外修改，因此法院支持了发包方扣减部分设计费的请求。
- 在另一案例中，法院认为合同未约定初步设计阶段，且发包方在设计方未进行初步设计时未提出异议，因此设计方不构成违约。同时，施工图设计满足了工程需求且未导致质量问题或额外成本增加，因此法院未支持发包方扣减设计费的请求。
建议：
- 对于发包方而言，在签订合同时应明确约定设计流程、阶段及其费用等条款，以避免后续争议。同时，在设计过程中应加强对设计方的监督和管理，确保设计质量符合要求。
- 对于设计方而言，应严格按照合同约定和行业惯例履行设计义务，确保设计流程的完整性和合理性。若合同未约定初步设计阶段，应与发包方进行充分沟通并取得其明确同意后再进行施工图设计。
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