结论：原配起诉“小三”后，“小三”是否会留下案底，主要取决于案件的性质和法律程序的结果。具体来说：
民事纠纷情况：
- 如果原配起诉“小三”的纠纷属于民事范畴，例如要求返还财产、停止侵害名誉权等，这类案件不涉及犯罪行为，只是私人间的权益争议。
- 在这种情况下，即使“小三”败诉，也不会留下案底。民事案件的处理主要是对当事人之间的民事权利义务进行判定和调整，不涉及犯罪记录的产生。
刑事犯罪情况：
- 如果“小三”的行为构成刑事犯罪，例如重婚罪（明知他人有配偶而与之结婚或以夫妻名义同居生活），并且被公安机关立案、检察院提起公诉、法院最终判决有罪，那么就会留下案底。
- 根据《中华人民共和国刑法（2023修正）》第二百五十八条的规定，重婚罪可处二年以下有期徒刑或者拘役。此外，如果在诉讼过程中“小三”存在其他犯罪行为（如诈骗、伪造证据等），并被法院认定构成犯罪，同样会留下案底。
法律背景与建议：
- 案底的定义与影响：案底，即犯罪记录，是指个人涉嫌违法犯罪的记录。这些记录会被永久保存在法律档案中，并可能对个人的未来产生深远影响，如就业、参军、考公务员等方面受到限制。
- 对于“小三”的建议：如果面临被起诉的情况，应尽快了解自身的法律责任和可能的法律后果，以便做出适当的应对。特别是如果涉及刑事犯罪，应积极配合司法机关的调查，争取从轻或减轻处罚。
- 对于原配的建议：在决定起诉“小三”之前，应确保诉讼的合法性和有效性，并了解可能的法律结果。如果涉及刑事犯罪，可以向公安机关报案，由公安机关依法进行调查和处理。
特殊情况说明：
- 在民事诉讼过程中，如果“小三”实施了与诉讼相关的犯罪行为，如伪造证据、妨碍司法公正等，并且这些行为被法院认定构成犯罪，那么“小三”也会因此留下案底。这强调了无论案件性质如何，只要涉及犯罪行为并受到刑事处罚，都会留下犯罪记录。
综上所述，原配起诉“小三”后，“小三”是否会留下案底，取决于案件的具体性质和最终判决结果。在民事案件中通常不会留下案底，但在刑事案件或涉及犯罪行为的情况下则可能会留下犯罪记录。因此，在处理相关法律问题时，务必全面了解法律背景和可能后果，以便做出明智的决策。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。