当工程甲方单方面解除合同时，对于员工的赔偿问题确实是一个复杂且关键的问题，它涉及到员工的切身利益以及企业的法律责任。以下是对此问题的详细解答：
一、赔偿的法律依据与原则
首先，我们需要明确的是，赔偿应主要依据《中华人民共和国劳动合同法》来进行。该法规定了用人单位在特定情形下需要向劳动者支付经济补偿的标准和情形。同时，赔偿也应遵循合法性与合理性原则，即赔偿应基于法律规定，并考虑员工实际损失及企业承受能力，确保公平合理。
二、赔偿范围与计算方式
经济补偿金：
- 如果合同解除符合《劳动合同法》第四十六条规定的情形（如协商解除、无过失性辞退等），企业应支付经济补偿金。
- 计算标准：按员工在本单位工作年限，每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。月工资指劳动合同解除前十二个月平均工资，高于当地职工月平均工资三倍的，按三倍数额支付，最高不超过十二年。
代通知金：
- 如果企业未提前三十日书面通知解除合同，需额外支付一个月工资作为代通知金。
其他损失赔偿：
- 未支付的劳动报酬：包括加班费、奖金、津贴等。
- 社会保险与福利待遇损失：因解除合同导致员工无法享受的社会保险待遇或福利。
- 违约金：若合同中明确约定了违约金条款，且符合法律规定，企业需按约定支付。但需要注意的是，在劳动合同中，除非员工违反服务期约定或竞业限制约定，否则企业通常不得约定由员工承担的违约金。
三、特殊情形下的赔偿调整
违法解除合同的赔偿金：
- 如果企业违反《劳动合同法》规定解除合同，应按经济补偿标准的二倍向员工支付赔偿金。
工程合同解除的特殊性：
- 在工程合同中，如果甲方解除合同，除了考虑上述劳动合同法的规定外，还需要考虑工程合同的具体约定以及实际损失情况。例如，如果合同中有明确条款规定甲方解除合同的赔偿方式或金额，则应按条款执行；若合同无约定或约定不明确，则需根据解除合同给员工（或乙方）造成的实际损失（包括直接和间接损失）进行赔偿。
四、赔偿程序与执行
协商沟通：
- 企业应主动与员工协商，明确赔偿金额和支付方式。在协商过程中，企业应充分听取员工的意见和诉求，确保赔偿方案的公平性和合理性。
签订协议：
- 双方达成一致后，应签订书面赔偿协议，明确各自权利义务。协议应详细列明赔偿项目、金额、支付方式、支付时间等关键条款。
按时支付：
- 企业应按协议约定的时间和方式支付赔偿款项。如果企业未能按时支付，员工有权依法追究企业的法律责任。
争议解决：
- 如果协商不成，员工可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，通过法律途径维护权益。在争议解决过程中，企业应积极配合相关部门的调查和处理工作，确保争议得到公正、合理的解决。
综上所述，工程甲方单方面解除合同时对员工的赔偿问题需要综合考虑多个因素。企业应遵循法律法规的规定，确保赔偿方案的合法性和合理性；同时，也应积极与员工协商沟通，争取达成双方都能接受的赔偿方案。