当员工被罚款1000元且对此表示不服时，可以通过以下清晰、详细且具有深度的步骤来合理维护自己的权益：
一、明确罚款的合法性及依据
查阅公司规章制度：首先，员工应仔细查阅公司的员工手册、规章制度等文件，特别是关于奖惩制度的部分。确认罚款是否有明确的条款支撑，以及罚款的具体情形和程序是否符合公司规定。
了解法律法规：根据《中华人民共和国劳动法》等相关法律法规，用人单位不得随意克扣劳动者工资。罚款作为一种处罚措施，必须有明确的法律依据和合理的理由。例如，若因员工故意或重大过失给公司造成损失，公司可要求员工赔偿经济损失，但赔偿金额需合理且有限度。
二、与公司进行沟通协商
表达不满和疑虑：员工在发现罚款不合理后，应及时与上级或人力资源部门沟通，理智、清晰地表达自己对罚款的不满和疑虑。通过沟通，可以了解罚款的具体原因和依据，并尝试寻求解决方案。
提供反驳证据：如果员工认为罚款有误，可以提供相关证据来支持自己的观点。例如，提供工作记录、考勤记录等证明自己没有违反公司规定或罚款金额过高的证据。
三、寻求外部帮助
求助于工会：若公司设有工会，员工可以向工会寻求帮助。工会作为员工的代表，有义务为员工提供咨询和支持，并在必要时与雇主进行协商，以维护员工的合法权益。
申请调解或向劳动监察部门投诉：若与公司沟通无果，员工可以选择向本单位的劳动争议调解委员会申请调解，或者向当地的劳动监察部门投诉。调解委员会将依据国家劳动法律、法规及企业规章制度，通过协商推动双方达成共识。而劳动监察部门则会对投诉进行调查核实，若查证用人单位的罚款行为违法，会责令其改正并依法处罚。
四、申请劳动仲裁
若调解不成或员工选择不调解，可以向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在申请仲裁时，需要提交详细的仲裁申请书和相关证据材料。仲裁委员会将依法进行审理，并作出公正裁决。
五、提起诉讼
若员工对劳动仲裁结果不满意，可以在收到仲裁裁决书之日起十五日内向有管辖权的人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，员工需要递交起诉状和证据材料，并按照法定程序参与庭审活动。法院将全面审查案件，并依法作出最终判决。
六、注意事项
保留证据：在整个维权过程中，员工应妥善保留所有与罚款相关的通知、文件、工资条明细、沟通记录等证据。这些证据将在后续的维权过程中发挥重要作用。
了解法律：员工应熟悉相关的劳动法律法规，了解自己的权利和义务。这样，在维权过程中才能更加有理有据，确保自己的合法权益得到有效保障。
及时行动：员工应注意维权的时效性，确保在规定的时间内采取合适的行动来维护自己的权益。避免因为拖延时间而错过最佳的维权时机。
综上所述，员工被罚款不服时，应通过合法途径来维权，并注重保留证据和了解相关法律法规。只有这样，才能确保自己的权益得到有效保障。