结论：土地转让协议书仅写“一次性付清”而未写明金额，该条款的效力存在瑕疵，但协议整体不一定无效，需结合具体情况判断。以下是具体分析：

1. 合同条款的明确性要求

根据《民法典》第143条，民事法律行为有效的条件包括“意思表示真实”且“不违反法律、行政法规的强制性规定”。若协议中未明确转让金额，可能导致以下问题：

• 意思表示不明确：金额是土地转让合同的核心条款（根据《民法典》第470条，合同内容一般包括价款或报酬）。若未约定金额，双方对“一次性付清”的具体数额可能存在争议，法院可能认为该条款因缺乏明确性而无法履行。
• 履行障碍：若一方主张金额为X，另一方主张为Y，且无其他证据佐证，法院可能因无法确定具体金额而驳回履行请求（参考《民法典》第511条关于价款约定不明的处理规则）。

2. 协议整体效力的判断

• 部分无效不影响整体：若协议其他条款（如土地位置、面积、转让方权利等）合法有效，仅金额条款缺失，法院可能认定协议部分无效，但其他条款仍有效（根据《民法典》第156条）。
• 可补救性：双方可通过补充协议明确金额，或通过交易习惯、市场价等推断合理金额（参考《民法典》第510条、第511条）。若能补正，协议仍可履行。

3. 风险提示与建议

• 对转让方：若未约定金额，受让方可能以“金额未达成合意”为由拒绝付款，甚至主张合同未成立。建议立即与受让方签订补充协议，明确金额及付款时间。
• 对受让方：若已支付部分款项，需保留转账记录、沟通记录等证据，证明双方对金额存在默认共识。若未付款，需谨慎评估风险，避免被认定为违约。
• 通用建议：无论处于哪一方，均建议通过书面形式补充金额条款，或通过录音、聊天记录等固定双方对金额的合意，以降低法律风险。

总结：金额是土地转让协议的核心条款，缺失可能导致条款无效或履行困难，但协议整体不一定无效。建议双方尽快补充明确金额，或通过其他证据固定合意，以确保协议可执行。若有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作方案。