公司老板被抓后，公司已收取的钱款处理方式需根据具体情况判断，主要涉及款项性质、案件阶段及司法机关介入程度等因素。以下分情况详细说明：

1. 若款项属于合法经营收入

• 司法机关冻结或扣押：若老板因涉嫌经济犯罪（如职务侵占、挪用资金等）被抓，司法机关可能对涉案账户资金进行冻结或扣押。此时，公司需配合调查，提供合同、发票等证明款项合法性的材料。若资金被认定为合法收入，司法机关会依法解除冻结或返还。
• 公司继续运营：若老板被抓不影响公司整体合法经营（如其他股东或高管继续管理），公司可正常使用账户内合法资金支付员工工资、供应商货款等，但需确保资金流向与案件无关。

2. 若款项涉及违法犯罪所得

• 赃款追缴：若款项被认定为老板个人违法所得（如诈骗、贪污等），司法机关会依法追缴，返还给受害者或上缴国库。公司需配合提供相关账目，若公司其他人员参与违法活动，可能面临连带责任。
• 公司连带责任：若公司被认定为老板违法犯罪的共犯（如单位犯罪），公司账户资金可能被全部或部分没收，同时公司可能面临罚款、停业整顿等处罚。

3. 若款项属于客户预付款或未履行合同款

• 合同履行或解除：若老板被抓导致合同无法履行，公司需与客户协商解除合同或继续履行。若客户要求退款，公司需用合法资金退还；若公司无力退还，可能面临诉讼或行政处罚。
• 司法机关介入分配：若公司进入破产程序，已收取的款项需按《企业破产法》规定优先清偿员工工资、税费等，剩余部分按比例分配给债权人。

4. 实务建议

• 立即委托律师介入：公司应尽快聘请律师了解案件情况，评估资金风险，并代表公司与司法机关沟通。
• 梳理账目与合同：整理公司所有财务记录、合同及交易凭证，区分合法与非法资金，避免被误认定为共犯。
• 避免擅自处置资金：在司法机关未明确处理意见前，公司不得擅自转移、隐匿或使用涉案资金，否则可能涉嫌妨碍诉讼或洗钱。

总结：老板被抓后，公司已收取的钱款处理需结合款项性质、案件性质及司法程序综合判断。公司应优先配合调查，保留合法资金使用证据，并通过法律途径维护权益。如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我会结合实际情况提供更精准的建议。