案件已经和解但仍然立案，这并不矛盾，主要存在以下几种情况：

1. 立案在先，和解在后：

   • 在许多情况下，案件的立案并不依赖于双方是否已经达成和解。立案是司法机关根据法律规定，对涉嫌违法犯罪或存在民事纠纷的行为进行正式审查的开始。因此，即使双方在立案后达成了和解，案件仍然会按照既定的法律程序进行，直至最终结案。
   • 举例：在交通事故中，受害者可能先向公安机关报案，公安机关立案后展开调查。在调查过程中，双方可能达成了和解协议，但公安机关仍需完成调查程序，并将案件移送至检察机关或法院进行审查，以确认和解协议的合法性和有效性。

2. 和解协议需司法确认：

   • 即使双方达成了和解协议，该协议有时也需要经过司法机关的确认才能具有法律效力。特别是在涉及民事赔偿、财产分割等复杂问题时，司法机关的确认可以确保和解协议的公正性和可执行性。
   • 举例：在婚姻家庭纠纷中，双方可能就财产分割、子女抚养等问题达成了和解协议。然而，为了确保协议的合法性和有效性，双方可能需要将协议提交至法院进行审查，并由法院出具调解书或判决书来确认协议的内容。

3. 立案机关的不同处理流程：

   • 不同的立案机关（如公安机关、人民检察院、法院）在处理案件时有着不同的流程和规定。即使双方达成了和解，立案机关仍可能按照其内部的程序规定继续处理案件。
   • 具体流程：
     • 公安机关：立案后，公安机关将依法开展侦查工作，收集与案件相关的证据材料。在侦查过程中，如果双方达成了和解，公安机关可能会考虑将和解情况作为量刑或处理的参考因素，但仍需完成侦查程序并将案件移送至检察机关审查起诉。
     • 人民检察院：对于人民检察院直接受理的立案案件，如贪污贿赂犯罪、国家工作人员的渎职犯罪等，检察院将负责侦查。在侦查过程中，如果双方达成了和解，检察院可能会根据案件情况作出起诉、不起诉或者撤销案件的决定。
     • 法院：对于民事案件或行政案件，法院立案后将安排开庭审理。在庭审过程中，如果双方达成了和解，法院可能会根据和解协议的内容制作调解书或判决书来结案。

4. 和解的自愿性与合法性审查：

   • 司法机关在处理案件时，会严格审查和解协议的自愿性和合法性。如果和解协议存在欺诈、胁迫等非法情形，或者违反了法律法规的强制性规定，司法机关将不会确认该协议的效力，并可能继续按照法律程序处理案件。

针对您的情况，我给出以下建议：

• 了解立案机关的处理流程：首先，您需要了解具体是哪个机关立案的（如公安机关、检察院或法院），并了解该机关在处理类似案件时的具体流程和规定。
• 积极配合司法机关的工作：无论案件处于哪个阶段，您都应积极配合司法机关的工作，如实陈述事实，提供线索和证据。
• 咨询专业律师：如果您对和解协议的效力、案件的处理流程或可能的法律后果存在疑问，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。不过，作为叶飞龙律师，我随时准备为您提供专业的法律咨询和帮助。

总之，案件已经和解但仍然立案并不矛盾，这可能是由于立案在先、和解协议需司法确认、立案机关的不同处理流程或和解的自愿性与合法性审查等原因造成的。在处理此类案件时，建议您了解立案机关的处理流程，积极配合司法机关的工作，并在必要时咨询专业律师以获取更具体的法律建议。