重复支付工程款是否违纪，需分情况讨论，具体如下：

1. 内部财务管理角度：

   • 违纪性：若重复支付工程款是由于内部财务管理不善、审核流程存在漏洞或工作人员疏忽大意导致的，这通常被视为一种管理上的失误或违纪行为。这种行为可能违反了公司或单位的财务管理制度，相关责任人员可能会因此受到内部纪律处分，如警告、罚款、降职等。
   • 法律依据：虽然直接的违纪行为可能并不直接由法律条款规定，但公司或单位的财务管理制度往往基于相关法律法规制定，如《中华人民共和国会计法》、《中华人民共和国公司法》等，这些法律法规要求公司或单位建立健全的财务管理制度，确保资金的安全和合理使用。

2. 法律责任角度：

   • 民事责任：重复支付工程款可能构成不当得利，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，得利人没有法律根据取得不当利益的，受损失的人可以请求得利人返还取得的利益。因此，如果重复支付工程款，支付方有权要求接收方返还多付的款项。
   • 刑事责任：在极端情况下，如果重复支付工程款是由于工作人员故意为之，如贪污、挪用公款等，且数额较大，那么这种行为可能构成犯罪，如贪污罪、挪用公款罪等。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，犯罪嫌疑人将面临刑事处罚，包括有期徒刑、拘役、罚金等。

3. 实际操作与预防措施：

   • 加强审核流程：为避免重复支付工程款，公司或单位应加强审核流程，确保每笔支付都经过严格的审批和核对。
   • 建立预警机制：通过建立财务预警机制，及时发现并纠正可能的支付错误。
   • 加强员工培训：提高员工的财务意识和法律意识，确保他们了解并遵守相关的财务管理制度和法律法规。

总结与建议： 重复支付工程款是否违纪，取决于具体情境和原因。如果是由于管理不善或疏忽大意导致的，通常被视为管理上的失误或违纪行为；如果是由于故意为之且数额较大，则可能构成犯罪。为避免此类情况的发生，公司或单位应加强财务管理、审核流程和员工培训等方面的工作。如果您或您的单位遇到了重复支付工程款的问题，建议及时咨询专业律师，以便根据具体情况采取相应的法律措施。