结论：在土地被侵占且经法院签订了不公平协议的情况下，您仍然有可能通过法律途径维护自己的权益，但具体能否起诉及起诉的效果取决于多种因素。以下是从不同角度的详细分析：
一、协议的效力问题
协议是否自愿签订：
- 如果协议是在您被胁迫、欺诈或重大误解的情况下签订的，那么该协议可能被视为无效或可撤销。根据《民法典》的相关规定，因胁迫、欺诈或重大误解订立的合同，受损害方有权请求人民法院或仲裁机构变更或撤销。
协议内容是否合法：
- 如果协议内容违反了法律、行政法规的强制性规定，或者违背了公序良俗，那么该协议也是无效的。例如，如果协议中涉及的土地转让价格明显低于市场价格，且没有合理的解释，那么该条款可能因显失公平而被撤销。
二、起诉的可能性与条件
撤销协议之诉：
- 如果您认为协议是在非自愿或违法的情况下签订的，您可以在知道或应当知道撤销事由之日起一年内，向人民法院提起撤销协议之诉。法院将审查协议签订的过程和内容，以确定是否存在可撤销的情形。
确认协议无效之诉：
- 如果协议内容违反了法律、行政法规的强制性规定，您可以向人民法院提起确认协议无效之诉。法院将直接审查协议内容的合法性，并作出相应的判决。
侵权之诉：
- 如果土地被侵占的行为本身构成了侵权，无论协议是否有效，您都可以向人民法院提起侵权之诉，要求侵占者停止侵害、返还土地、赔偿损失等。
三、起诉前的准备与策略
收集证据：
- 在起诉前，您需要收集充分的证据来支持您的主张。这包括协议文本、土地权属证明、侵占行为的证据（如照片、视频、证人证言等）、以及任何能够证明协议非自愿或违法签订的证据。
咨询专业律师：
- 由于法律问题的复杂性和专业性，我建议您在起诉前咨询专业律师（当然，您可以直接向我咨询，我专注于合同纠纷和婚姻家庭领域，但土地侵占问题也涉及合同和物权法，我同样可以提供专业意见）。律师将根据您的具体情况，为您提供法律意见、制定诉讼策略，并代表您进行诉讼活动。
考虑和解或调解：
- 在起诉前或诉讼过程中，您也可以考虑与对方进行和解或调解。这不仅可以节省诉讼成本和时间，还可以避免双方关系的进一步恶化。如果和解或调解成功，双方可以签订和解协议或调解协议，以解决纠纷。
四、可能的法律后果
协议被撤销或确认无效：
- 如果法院支持了您的撤销或确认无效请求，那么协议将自始无效或被撤销。这意味着您将不再受协议的约束，可以要求对方返还土地或赔偿损失。
侵权赔偿：
- 如果法院认定了对方的侵权行为，那么对方将需要承担侵权责任，包括停止侵害、返还土地、赔偿损失等。
诉讼风险：
- 当然，诉讼也存在一定的风险。如果法院不支持您的请求，您可能需要承担诉讼费用，并可能面临对方提出的反诉或抗辩。因此，在起诉前，您需要充分评估诉讼的风险和收益。
最后建议：面对土地被侵占且经法院签订了不公平协议的情况，您不要轻易放弃自己的权益。通过收集证据、咨询专业律师、考虑和解或调解以及提起诉讼等方式，您仍然有可能维护自己的合法权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。