结论：交通肇事被判处5年有期徒刑，在第三年时建造师通常不可以注册，需满足刑期执行完毕且自刑罚执行完毕之日起至申请注册之日止满5年等条件才可申请注册。具体分析如下：

从建造师注册的法规要求角度

根据《注册建造师管理规定》以及相关实施细则，申请人有下列情形之一的，不予注册，其中就包括“因执业活动受到刑事处罚，自刑事处罚执行完毕之日起至申请注册之日止不满5年的；因前项规定以外的原因受刑事处罚，自刑事处罚决定之日起至申请注册之日止不满3年的”。

交通肇事罪虽不属于因执业活动受到的刑事处罚，但属于因其他原因受刑事处罚的情况。若被判处5年有期徒刑，在第三年时，距离刑罚决定之日显然不满3年，不满足建造师注册的时间条件要求，所以此时不可以注册。

从特殊情况考量角度

如果存在一些特殊情形，比如有重大立功表现等获得减刑，提前出狱，但即便提前出狱，从刑罚执行完毕之日起计算，要满足自刑罚执行完毕之日起至申请注册之日止满相应年限（因交通肇事这种非执业活动犯罪需满3年）才能申请注册。仅仅在服刑第三年，无论是否减刑出狱，一般都不符合注册条件。

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