协议内容意思表示不真实，签字后并不一定生效。这一结论需要从多个角度进行详细分析：

一、协议生效的基本原则

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。依法成立的合同，自成立时生效，但法律另有规定或当事人另有约定的除外。然而，这一原则的前提是协议内容必须是双方真实意思的表示。如果协议内容意思表示不真实，那么该协议可能并不符合生效的基本条件。

二、协议可撤销的情形

1. 欺诈：若一方以欺诈手段使对方在违背真实意思的情况下签订协议，受欺诈方有权请求法院或仲裁机构撤销该协议。例如，在房屋买卖中，卖方隐瞒房屋存在重大质量问题，买方在不知情的情况下签订了购房协议，后来发现真相后，买方有权申请撤销该协议。

2. 胁迫：如一方或第三方以胁迫手段迫使对方签订不符事实的协议，受胁迫方同样有权申请撤销。比如，通过威胁生命安全、家庭安全等方式强迫对方签约，受胁迫方在事后可以寻求法律救济，申请撤销该协议。

3. 重大误解：双方在签订协议时对关键事实存在重大误解，导致协议内容与实际情况不符，误解方有权请求撤销。例如，在货物买卖合同中，双方对货物的规格、数量等关键条款产生误解，实际交易与约定不符时，误解方可以申请撤销该协议。

三、协议无效的情形

1. 违反法律法规：若协议内容违反法律、行政法规的强制性规定，如涉及非法交易或侵犯他人权益，则该协议自始无效。例如，买卖毒品、枪支等违禁品的协议，或者侵犯他人知识产权的协议，均属于无效协议。

2. 违背公序良俗：协议内容若违背社会公共秩序和善良风俗，同样无效。如以金钱为条件限制他人婚姻自由的协议，或者包含其他违背社会公德内容的协议，均违背了公序良俗原则，因此无效。

四、部分内容与事实不符的处理

如果协议只是部分内容与事实不符，而其他部分均合法且真实，那么不影响其他部分的效力。具体如何判断，需由法院根据实际情况进行裁定。例如，在一份复杂的商业合作协议中，如果只有关于合作期限的条款与事实不符，而其他关于合作内容、权利义务等条款均真实合法，那么法院可能会裁定合作期限条款无效，但其他条款仍然有效。

五、建议与注意事项

1. 签订协议前仔细审查：为避免未来产生不必要的纠纷，建议在签订任何协议前仔细审查其内容，确保其与事实相符并符合自己的真实意愿。

2. 咨询专业律师：在签订涉及重大利益或复杂法律关系的协议时，建议咨询专业律师的意见，以确保协议的合法性和有效性。不过，既然你已经在向我咨询，那么我会尽我所能为你提供专业的法律建议。

3. 保留证据：如果发现协议内容意思表示不真实或存在其他问题，应及时保留相关证据，以便在需要时维护自己的合法权益。

综上所述，协议内容意思表示不真实时，签字后并不一定生效。具体是否生效需根据协议的具体内容、签订时的情境以及相关法律法规进行综合判断。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。