结论：在单位犯罪和个人共同退赔500万的情况下，是否由单位赔偿，并非一概而论，而是需要根据具体情况来判断，包括单位与个人在犯罪中的角色、责任划分以及退赔协议的具体内容等。
分析说明：
单位犯罪与个人犯罪的区分：
- 单位犯罪是指公司、企业、事业单位、机关、团体为本单位谋取非法利益或者以单位名义为本单位全体成员或多数成员谋取非法利益，由单位的决策机构按照单位的决策程序决定，由直接责任人员具体实施，且刑法明文规定单位应受刑罚处罚的犯罪。
- 个人犯罪则是指自然人以个人名义实施的犯罪行为。
- 在单位犯罪中，单位作为犯罪主体，应承担相应的刑事责任，同时，直接负责的主管人员和其他直接责任人员也可能被追究刑事责任。
退赔责任的划分：
- 在单位犯罪和个人共同退赔的情况下，退赔责任并非完全由单位承担。退赔责任的划分通常取决于单位与个人在犯罪中的具体角色、责任大小以及退赔协议的具体内容。
- 如果单位是犯罪的主要实施者，且个人在犯罪中起次要或辅助作用，那么单位可能承担更大的退赔责任。
- 反之，如果个人在犯罪中起主要作用，或者单位与个人在犯罪中的责任相当，那么退赔责任可能由单位和个人共同承担。
退赔协议的影响：
- 如果单位与个人之间签订了退赔协议，明确了各自的退赔责任和比例，那么应按照协议内容执行。
- 在没有退赔协议或协议不明确的情况下，退赔责任的划分可能需要根据法院的判决或相关部门的调解来确定。
特殊场景：
- 在某些情况下，即使单位是犯罪主体，但个人可能因直接参与犯罪活动而承担更大的退赔责任。例如，个人作为直接实施犯罪行为的人，可能因其行为对被害人造成了直接损失，而被要求承担更多的退赔责任。
- 另外，如果单位已经破产或无力承担退赔责任，那么个人可能需要承担全部或部分的退赔责任。
行动建议：
- 对于涉及单位犯罪和个人共同退赔的情况，建议首先咨询专业律师，以明确各自的责任和义务。
- 在签订退赔协议时，应明确各自的责任和比例，以避免后续纠纷。
- 如果单位或个人无力承担退赔责任，可以考虑与被害人协商分期退赔或寻求其他解决方案。
法律后果：
- 如果单位或个人未按照退赔协议或法院判决履行退赔义务，可能面临法律制裁，包括但不限于罚款、拘留等。
- 在严重情况下，还可能构成拒不执行判决、裁定罪等刑事犯罪，面临更严厉的刑事处罚。
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