单位犯罪起诉负责人时，退赔责任主要由单位承担。以下是对这一结论的详细分析：

一. 单位犯罪的退赔责任主体

根据《中华人民共和国刑法》第六十四条的规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔。在单位犯罪中，单位作为犯罪主体，其违法所得同样应当被追缴或责令退赔。因此，退赔责任主体首先是单位本身。

二. 单位犯罪中个人责任与单位责任的区分

1. 单位责任：单位犯罪所得的财物，应当被追缴或责令单位退赔。这是单位作为犯罪主体所应承担的法律责任。

2. 个人责任：在单位犯罪中，直接负责的主管人员和其他直接责任人员也可能承担刑事责任。但他们的责任是基于个人行为，与单位的退赔责任相对独立。个人可能因其犯罪行为受到刑事处罚，但单位的退赔责任不因此免除。

三. 共同犯罪情况下的退赔责任

如果单位犯罪涉及共同犯罪，即两个以上单位或单位与个人共同故意犯罪，退赔责任的处理更为复杂。根据《中华人民共和国刑法》第二十五条和第六十四条的规定，共同犯罪中违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔。在单位与个人共同犯罪的情况下，单位和个人均可能对被害人承担连带赔偿责任。

四. 退赔的执行

1. 执行方式：退赔的执行方式主要有两种，一是犯罪分子主动退赔；二是在法院判决生效后，由法院责令犯罪分子进行退赔。

2. 强制执行：若判决生效，但单位或个人拒不退赔，执行局将负责强制执行退赔责任。

我建议在处理单位犯罪退赔问题时，应首先明确退赔责任主体为单位，同时关注个人是否因犯罪行为而需承担独立的刑事责任。在涉及共同犯罪的情况下，应明确单位和个人可能承担的连带赔偿责任。最后，确保退赔责任的执行符合法律程序，必要时可申请法院强制执行。