结论：总承包将工程分包给没有资质的单位，分包单位的违法所得是会被没收的，这是基于相关法律法规的明确规定。

一、法律依据

1. 《中华人民共和国建筑法》第六十七条：明确规定，承包单位将承包的工程违反规定进行分包的，责令改正，没收违法所得，并处罚款，可以责令停业整顿，降低资质等级；情节严重的，吊销资质证书。这一条款直接指出了违法分包行为的法律后果，包括没收违法所得。

2. 《建设工程质量管理条例》第六十二条：也规定，承包单位将承包的工程转包或者违法分包的，责令改正，没收违法所得，并对相关单位处以罚款。这一条例进一步细化了违法分包的处罚措施，同样包括了没收违法所得。

3. 《中华人民共和国行政处罚法》第二十八条：规定，行政机关实施行政处罚时，应当责令当事人改正或者限期改正违法行为。当事人有违法所得，除依法应当退赔的外，应当予以没收。违法所得是指实施违法行为所取得的款项。这一条款为没收违法所得提供了法律基础。

二、违法所得的范围与计算

违法所得是指违法分包人因违法分包行为而实际获得的非法利益，包括但不限于管理费、差价等收入。它不仅包括金钱收入，还涵盖物质和利益上的收获，以及由该收入所转化的财物。执法机关会根据相关证据确定违法所得的具体数额，并依法予以没收。

三、法律后果与建议

1. 法律后果：除了没收违法所得外，违法分包行为还可能面临罚款、停业整顿、降低资质等级乃至吊销资质证书等一系列法律制裁。这些后果将严重影响企业的正常运营和发展。

2. 建议：

   • 严格遵守法律法规：总承包单位在进行工程分包时，务必选择具有相应资质和能力的分包单位，并签订合法的分包合同。这是遵守法律法规的基本要求，也是避免法律风险的关键。
   • 加强内部管理：建立健全内部管理制度，加强对分包单位的资质审查和管理，确保分包行为的合法性和合规性。
   • 及时咨询法律意见：在进行工程分包前，建议咨询专业律师的法律意见，以确保分包行为的合法性和有效性。

四、特殊情况说明

虽然一般情况下禁止将工程分包给无资质单位，但在某些特定紧急情况或临时性工程中，可能存在特殊规定或处理方式。然而，这些例外情况必须有明确的法律依据和严格的审批程序，如抢险救灾、应急修复等特殊任务。即使在这些情况下，事后也需按照规定补办相关手续，否则仍可能面临法律制裁。

综上所述，总承包将工程分包给没有资质的单位是明确违反法律法规的行为，分包单位的违法所得是会被没收的。因此，各施工单位应严格遵守相关法律法规和合同约定，避免违法分包行为的发生。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。