行政诉讼案件协调处理达成的协议，在符合法定条件的情况下，具有法律效力。以下从不同角度为你详细分析：

法律效力来源

1. 基于当事人合意：行政诉讼协调处理本质上是行政机关与行政相对人在法院主持或参与下，就争议事项进行协商并达成一致的过程。一旦双方达成协议，该协议便体现了双方的真实意思表示。根据民法中关于合同效力的基本原理，意思表示真实且不违反法律、行政法规强制性规定、不违背公序良俗的协议，自成立时即具有法律效力，对双方当事人产生约束力，双方应当按照协议内容履行各自的义务。
2. 法院确认赋予：在行政诉讼中，法院对双方达成的协调协议会进行审查。如果法院认为该协议不违反法律规定、不损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益，会以制作调解书等方式对协议内容予以确认。经法院确认的调解书，与判决书具有同等的法律效力。这意味着调解书具有强制执行力，如果一方当事人不履行调解书确定的义务，另一方当事人可以向法院申请强制执行。

不同情况下的法律效力体现

1. 协议内容合法合规：当行政诉讼协调处理达成的协议内容符合法律法规的规定，没有侵犯国家、集体或第三人的合法权益时，该协议具有完全的法律效力。例如，行政机关与相对人就行政处罚的幅度进行协商，在法律允许的范围内达成减轻处罚的协议，经法院确认后，行政机关应当按照协议内容执行处罚，相对人也应当按照协议履行相应的义务，如缴纳罚款等。如果一方不履行，另一方可以依据协议和法院的确认文书，通过法律途径维护自己的权益。
2. 协议内容存在瑕疵：如果协议内容存在轻微瑕疵，但不影响协议的基本目的和主要条款的履行，且不违反法律法规的强制性规定，法院可能会在确认协议效力的同时，要求双方对瑕疵部分进行修正或补充说明。在这种情况下，协议仍然具有法律效力，双方应当按照修正或补充后的内容履行义务。例如，协议中对于履行期限的约定不够明确，法院可以要求双方进一步明确履行期限，经明确后协议继续有效。
3. 协议内容违法或损害公共利益：若行政诉讼协调处理达成的协议内容违反法律法规的强制性规定，或者损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益，法院将不会确认该协议的效力。此时，协议自始不具有法律效力，双方当事人不能依据该协议主张权利或要求履行义务。例如，行政机关与相对人达成协议，允许相对人从事违法经营活动，这种协议显然违反了法律法规的规定，法院不会认可其效力，并且可能会对相关责任人进行法律制裁。

注意事项

1. 协议签订的自愿性：在行政诉讼协调处理过程中，双方当事人必须是在自愿、平等的基础上达成协议。如果一方当事人是在受到胁迫、欺诈等不正当手段影响下签订协议，该协议可能因缺乏自愿性而被认定为无效。例如，行政机关利用其职权优势，强迫相对人接受不合理的协议条款，相对人可以在法定期限内向法院申请撤销该协议。
2. 协议内容的明确性：协议内容应当明确、具体，具有可操作性。避免使用模糊、歧义的表述，以免在履行过程中产生争议。例如，协议中对于赔偿金额、履行方式、履行期限等关键条款应当明确约定，确保双方当事人能够清楚了解自己的权利和义务。

如果你在行政诉讼协调处理过程中遇到相关问题，或者对协议的法律效力存在疑问，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议和帮助。