结论：在检察院认为事实不清、证据不足的情况下，案件是否会被法院起诉并审判，取决于多种因素。一般情况下，若证据确实不足，检察院会作出不起诉决定，案件不会进入法院审判阶段；但在特定情况下，如涉及重大公共利益或案件具有特殊性质，检察院可能会基于现有证据和案件具体情况作出起诉决定，此时案件将进入法院审判程序，由法院进一步审查证据和认定事实。
一、检察院在证据不足时的常规处理
不起诉决定：
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，检察院在审查起诉时，若发现证据不足，会建议公安机关撤回案件，重新收集证据或进行补充侦查。
- 若经过二次补充侦查后，检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当依法作出不起诉的决定。这是检察院在证据不足时的常规处理方式，旨在防止冤假错案的发生，保障被告人的合法权益。
法律依据：
- 《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十五条规定：“对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。”这一条款为检察院在证据不足时作出不起诉决定提供了明确的法律依据。
二、特殊情况下的起诉
存疑时起诉：
- 在某些复杂案件中，虽然现有证据尚未达到完全充分确凿的程度，但检察院基于已掌握的部分证据和案件的具体情况，认为通过法庭调查、辩论等程序有可能进一步查明事实、补充证据，从而达到证明犯罪的目的，此时可能会选择起诉。
- 这种情况下的起诉，检察院会承担更大的举证责任和风险。若法院在审理过程中认为证据仍然不足，将依法作出无罪判决。
基于公共利益等因素的考虑：
- 当案件涉及重大公共利益、社会影响广泛，或存在其他特殊情况时，检察院可能会在证据并非绝对充分的情况下提起公诉，以维护公共利益和社会秩序。
- 例如，环境污染、食品药品安全等关系到民众切身利益的案件，即使证据存在一定瑕疵，检察院也可能选择起诉，以彰显法律对公共利益的保护。
三、法院对证据不足案件的处理
审理中的证据审查：
- 法院在审理刑事案件时，会对检察院提交的所有证据进行全面、细致的审查。只有案件事实清楚，证据确实、充分，且能够依法认定被告人有罪时，法院才能作出有罪判决。
- 若法院认为检察院提供的证据无法达到确实、充分的标准，无法排除合理怀疑证明被告人有罪，那么法院将依法作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。
后续司法程序中的新证据：
- 如果在后续的司法程序中发现了新的证据，并且这些新证据足以证明被告人有罪，那么检察院可以重新提起公诉。此时，法院将根据新的证据情况再次进行审理，并作出相应的判决。
四、法律建议与风险提示
对于被告人：
- 若检察院因证据不足而作出不起诉决定，被告人应视为无罪，并有权要求国家赔偿（若因错误羁押造成损失）。
- 若检察院选择起诉，被告人应积极准备辩护，充分利用法庭调查、辩论等程序，维护自己的合法权益。
对于被害人：
- 若被害人对检察院的不起诉决定不服，可以在收到决定书后七日以内向上一级人民检察院申诉，请求提起公诉。
- 若人民检察院维持不起诉决定，被害人可以向人民法院提起自诉，通过司法途径维护自己的权益。
总结：在检察院认为事实不清、证据不足的情况下，案件是否会被法院起诉并审判，取决于多种因素。作为法律专业人士，我建议相关当事人密切关注案件进展，及时咨询专业律师，以便在法律程序中有效维护自己的权益。如有任何法律问题，可直接向我咨询。