船舶未加入体系公司管理，主要违反了《中华人民共和国船舶安全营运和防止污染管理规则》（NSM规则）的相关规定。以下是对此问题的详细分析：

1. NSM规则的基本要求：

   • NSM规则，即《中华人民共和国船舶安全营运和防止污染管理规则》，是适用于国内航行船舶的安全管理体系要求。它要求船舶所有人、经营人、管理人以及光船承租人（以下统称“公司”）必须建立、实施并保持安全管理体系（SMS），以确保船舶的安全营运和防止污染。
   • 体系公司管理，通常指的是公司按照NSM规则的要求，建立并实施安全管理体系，对船舶进行全面的安全管理，包括船舶的维护、保养、操作、人员培训等方面。

2. 船舶未加入体系公司管理的后果：

   • 如果船舶未加入体系公司管理，即未按照NSM规则的要求建立并实施安全管理体系，那么该船舶将无法满足国内航行船舶的安全管理标准。
   • 这可能导致船舶在航行过程中存在安全隐患，增加事故风险，同时也不利于防止船舶对海洋环境的污染。
   • 从法律层面讲，船舶未加入体系公司管理可能构成违法行为，会受到相关海事管理机构的处罚，包括但不限于罚款、扣留船舶、吊销船舶证书等。

3. 具体违反的条款：

   • 虽然直接的法律条款可能并未明确提及“船舶未加入体系公司管理”这一具体行为，但根据NSM规则的整体要求和目的，可以推断出该行为违反了规则中关于公司必须建立并实施安全管理体系的相关规定。
   • 例如，规则中可能要求公司应确保其管理的每一船舶均按照经批准的安全管理体系运作，如果船舶未加入体系公司管理，则显然无法满足这一要求。

4. 建议与措施：

   • 对于船舶所有人、经营人、管理人以及光船承租人来说，应严格按照NSM规则的要求建立并实施安全管理体系，确保船舶的安全营运和防止污染。
   • 如果船舶尚未加入体系公司管理，应尽快与符合要求的体系公司联系，加入其管理体系，并按照规则的要求进行运作。
   • 同时，应定期对船舶的安全管理体系进行内部审核和外部审核，确保其持续有效并符合规则的要求。

总结来说，船舶未加入体系公司管理主要违反了NSM规则中关于公司必须建立并实施安全管理体系的相关规定。这不仅可能导致船舶在航行过程中存在安全隐患和增加事故风险，还可能构成违法行为并受到相关海事管理机构的处罚。因此，建议相关责任方严格按照规则要求建立并实施安全管理体系，确保船舶的安全营运和防止污染。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。