在刑事拘留后，如果犯罪嫌疑人不认罪，司法机关会遵循一系列严谨的法律程序来处理，同时确保犯罪嫌疑人的合法权益得到充分保障。以下是对这一问题的详细解答：
一、总体处理原则
继续侦查与收集证据：
- 公安机关不会因为犯罪嫌疑人不认罪就停止调查。相反，他们会继续通过合法手段全面、细致地收集证据，这些证据可能包括物证、书证、证人证言、视听资料、电子数据等。
- 公安机关还会对收集到的证据进行审查判断，确保其真实性、关联性和合法性，以形成完整的证据链条。
保障诉讼权利：
- 在整个处理过程中，犯罪嫌疑人的知情权、申诉权、辩护权和获得公正审判的权利等都会得到充分保障。
- 犯罪嫌疑人有权了解案件进展、提出申诉、聘请律师进行辩护，并在法庭上接受公正的审判。
二、具体处理流程
侦查阶段：
- 公安机关会深入调查，尽可能找到更多证据来支持案件的起诉。
- 如果发现证据不足或存在瑕疵，公安机关会及时进行补充侦查，如重新询问证人、重新鉴定等，以确保案件的证据充分、确凿。
审查起诉阶段：
- 检察机关会对公安机关移送的案件进行全面审查，分析证据是否确实、充分，是否能够形成完整的证据链条。
- 检察官会讯问犯罪嫌疑人，听取其辩解，并核实证据的真实性。如果犯罪嫌疑人提出新的辩解或证据线索，检察机关会进行调查核实。
- 即使犯罪嫌疑人不认罪，只要其他证据足以证明其有罪，检察机关仍会依法提起公诉。
审判阶段：
- 在法庭审理中，公诉人会出示指控犯罪的证据，并进行说明和解释。
- 犯罪嫌疑人及其辩护人可以对证据进行质证和反驳，提出自己的辩护意见。
- 双方还会就案件事实、证据和法律适用等问题进行辩论。
- 法官会根据庭审中出示的证据和双方的辩论情况，对证据进行综合认定。如果证据确实、充分，能排除合理怀疑，证明犯罪嫌疑人有罪，即使其不认罪，法院也会依法作出有罪判决。反之，则作出无罪判决。
上诉程序：
- 如果犯罪嫌疑人对一审判决不服，可以提出上诉。
- 上级法院将对案件进行重新审理，并作出终审判决。这提供了犯罪嫌疑人进一步维护自己权益的机会。
三、犯罪嫌疑人不认罪对量刑的影响
- 通常，如果犯罪嫌疑人如实供述自己罪行，可以获得从轻处罚。这是法律对认罪态度的一种认可和鼓励。
- 如果犯罪嫌疑人有能力坦白却拒不认罪，法院在量刑时一般不会考虑从轻情节。因为拒不认罪可能被视为缺乏悔罪表现。
- 然而，如果因证据不足而不认罪，并且最终被判决无罪，那么犯罪嫌疑人的人身自由会得到恢复，且无需承担刑事责任。这是法律对无罪推定原则的坚持和体现。
综上所述，当犯罪嫌疑人在刑事拘留后不认罪时，司法机关会严格遵循法律程序进行处理，并充分保障犯罪嫌疑人的合法权益。无论犯罪嫌疑人是否认罪，司法机关都会以事实为依据、以法律为准绳来公正处理案件。