合同超期违约金是否可以从合同款中扣除，需分情况讨论，具体如下：

1. 若合同中有明确约定
   若合同中明确约定了“超期违约金可直接从合同款中扣除”，或类似条款（如“买方逾期付款时，卖方有权从剩余货款中直接扣减违约金”），则该约定具有法律效力。此时，守约方无需另行主张，可直接依据合同扣除违约金，但需注意保留书面通知违约方的证据（如邮件、函件），避免后续纠纷。

2. 若合同未明确约定
   若合同未约定扣除方式，则需通过以下步骤处理：

   • 协商扣除：双方可协商一致，以书面形式确认从合同款中扣除违约金（如补充协议、对账单）。
     
   • 诉讼/仲裁主张：若协商不成，守约方需通过法律程序主张违约金，法院或仲裁机构会根据实际损失、合同履行情况、过错程度等因素综合判定违约金金额，并判决违约方支付。此时，合同款与违约金需分别处理，不能直接扣除。

3. 需注意的例外情形

   • 违约金过高调整：根据《民法典》第585条，若违约金过分高于实际损失（超过损失的30%），违约方可请求法院或仲裁机构予以调减。
     
   • 合同无效或解除：若合同因违法、胁迫等原因无效，或双方协商解除合同，违约金条款可能失效，需根据实际情况主张赔偿（如信赖利益损失）。
     
   • 履约抗辩权：若违约方因守约方先违约而行使抗辩权（如同时履行抗辩权、先履行抗辩权），可能影响违约金的认定。

建议：若您面临合同超期违约问题，建议先核查合同条款，明确违约金计算方式及扣除权限；若条款不明确，及时与对方协商并留存证据；若协商无果，可委托律师介入，通过法律途径维护权益。如有具体合同或纠纷细节，欢迎进一步向我咨询。