客户经理把客户的纸质借款合同作废是否违规，不能一概而论，需要分情况讨论：

1. 如果客户经理未经客户同意擅自作废合同：

   • 法律背景：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同的变更或解除应当遵循双方协商一致的原则。客户经理作为一方当事人，未经对方（即客户）同意，擅自作废合同，属于单方面变更合同内容，违反了合同法的相关规定。
   • 法律后果：客户经理的这种行为可能构成违约，需要承担违约责任，包括赔偿客户因此遭受的损失。如果合同中约定了违约金，客户经理还可能需要支付违约金。
   • 建议：客户可以与客户经理进行沟通，要求其恢复合同效力或赔偿损失。如果沟通无果，客户可以向法院提起诉讼，维护自己的合法权益。

2. 如果客户经理经客户同意后作废合同：

   • 法律背景：在双方协商一致的情况下，合同可以被变更或解除。如果客户经理在作废合同前已经取得了客户的明确同意，并且双方就合同作废后的相关事宜（如债务清偿、违约责任等）达成了新的协议，那么这种行为是合法的。
   • 法律后果：由于合同作废是双方协商一致的结果，因此客户经理不需要承担违约责任。但双方应当确保新协议的合法性和有效性，以避免后续纠纷。
   • 建议：在合同作废前，双方应当就相关事宜进行充分沟通，并签订书面协议以明确双方的权利和义务。如果可能的话，可以请专业律师进行审查，以确保协议的合法性和有效性。

3. 如果合同作废涉及违规操作或欺诈行为：

   • 法律背景：如果客户经理在作废合同的过程中存在违规操作（如伪造客户签名、篡改合同内容等）或欺诈行为（如虚构事实、隐瞒真相等），那么这种行为不仅违反了合同法的相关规定，还可能构成犯罪。
   • 法律后果：客户经理可能需要承担刑事责任，如诈骗罪等。同时，客户还可以向法院提起民事诉讼，要求客户经理赔偿损失。
   • 建议：如果客户怀疑客户经理在作废合同的过程中存在违规操作或欺诈行为，应当立即向公安机关报案，并保留好相关证据。同时，客户也可以向法院提起诉讼，维护自己的合法权益。

总结与进一步思考：

• 客户经理把客户的纸质借款合同作废是否违规，取决于是否经过客户同意以及作废过程中是否存在违规操作或欺诈行为。
• 在处理此类问题时，客户应当保持警惕，仔细审查合同作废的相关事宜，并保留好相关证据。
• 如果客户对合同作废的合法性或后续处理存在疑问，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。