股权转让协议盖合同章在符合一定条件下是有效的。以下从多个角度为您详细分析：
合同效力角度：
- 根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条的规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这里的“盖章”并未限定为公章，因此，加盖合同章同样能表明公司作为合同一方当事人对股权转让协议内容的确认，合同自盖章时依法成立。若无其他导致合同无效的情形（如欺诈、胁迫、违反法律法规等），则合同即为有效。
公司内部管理规定角度：
- 公司内部可能设有关于重大事项（包括股权转让）的合同签署规定，这些规定可能明确要求使用公章。若实际只加盖了合同章而违反了公司内部管理规定，虽然从外部法律关系上不影响合同对善意相对人的效力，但公司内部可能会对相关责任人进行纪律处分。因此，在签署股权转让协议前，建议先了解并遵守公司内部的相关规定。
转让双方身份与章程约定：
- 如果转让方和受让方都是公司，且公司章程或内部规定中允许使用合同章来签署股权转让文件，那么在这种情况下盖合同章是可以的。
- 但如果有一方是个人，或者公司章程、股东之间的协议有其他特殊约定（如必须使用公章、需要特定股东同意等），则不能仅通过盖合同章来完成股权转让。此时，应严格按照公司章程和股东之间的协议来执行。
实际操作中的注意事项：
- 确保合同章的真实性和有效性：加盖的合同章必须是经过备案的合法印章，否则可能影响协议的效力。企业应妥善保管合同章，防止被滥用或盗用。
- 明确协议条款和双方权利义务：无论是否加盖合同章，股权转让协议都应明确约定转让方与受让方的权利义务、转让价格、支付方式等关键条款，以避免后续纠纷。
- 考虑其他手续与要求：在实际操作中，除了盖章外，可能还需要法定代表人或授权代表的签字，以确保股权转让的合法性和有效性。在某些情况下，可能还需要办理公证、登记等手续，以满足法律和公司章程规定的程序和条件。
举例说明：
假设A公司欲将其持有的B公司股权转让给C公司，双方签订了股权转让协议。若A公司的公司章程或内部规定中允许使用合同章来签署此类协议，且协议内容合法、条款明确，那么A公司在协议上加盖合同章后，该协议即具有法律效力。
总结与建议：
股权转让协议盖合同章的有效性取决于多种因素，包括合同效力、公司内部管理规定、转让双方身份与章程约定以及实际操作中的注意事项等。因此，在签署股权转让协议前，建议先了解并遵守相关法律法规、公司章程以及股东之间的特殊约定。如有任何疑问或不确定之处，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供准确的法律意见和指导。