结论：在特定条件下，可以执行被执行人控股99%的公司财产，但需满足一定法律程序和条件。

分析说明：

1. 公司法人独立地位与股东有限责任原则：

   • 根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，公司具有独立的法人地位，股东以其出资额为限对公司承担有限责任。这意味着，一般情况下，公司的债务不应直接由股东承担，反之亦然。

2. 例外情况：法人人格否认（揭开公司面纱）：

   • 然而，在特定情况下，如果股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益的，债权人可以请求法院否认公司的法人独立地位，要求股东对公司债务承担连带责任。这被称为“法人人格否认”或“揭开公司面纱”。
   • 在您提到的情况中，如果被执行人作为控股99%的股东，存在滥用公司法人地位、逃避债务的行为，且这种行为严重损害了债权人的利益，那么债权人（包括申请执行的原告）可以依法向法院申请否认该公司的法人独立地位，从而执行被执行人在该公司的财产权益。

3. 执行程序与条件：

   • 要执行被执行人控股公司的财产，首先需要通过法律程序确认被执行人存在滥用公司法人地位、逃避债务的行为。
   • 这通常需要债权人提供充分的证据，证明被执行人与公司之间存在财产混同、业务混同、人员混同等情形，以及这些行为如何导致了债权人利益的损害。
   • 法院在审查这些证据后，如果认为符合法人人格否认的条件，将作出相应判决，允许债权人执行被执行人在公司的财产权益。

4. 实际操作中的难点：

   • 在实际操作中，证明股东滥用公司法人地位、逃避债务的行为往往比较困难。这需要债权人投入大量时间和精力进行调查取证，并可能需要借助专业的法律服务和财务审计。
   • 此外，即使法院最终判决否认公司的法人独立地位，执行过程中也可能面临诸多挑战，如公司财产的处置、其他股东的权益保护等。

行动建议：

• 如果您作为债权人认为被执行人存在滥用公司法人地位、逃避债务的行为，并希望执行其控股公司的财产，建议您首先咨询专业律师，了解具体的法律程序和证据要求。
• 在律师的指导下，收集相关证据，准备充分的法律文件，并向法院提起诉讼或申请执行。
• 在整个过程中，保持与律师的密切沟通，及时了解案件进展，并根据律师的建议调整策略。

后续思考：

• 在涉及公司法务的问题中，公司法人独立地位与股东有限责任原则是核心原则之一。然而，这一原则并非绝对不可突破。在特定情况下，通过法人人格否认制度，可以实现对股东财产的间接执行。
• 因此，在处理类似案件时，需要综合考虑多种因素，包括公司的组织结构、股东的行为模式、债权人的利益保护等，以制定出最合适的法律策略。

如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。