针对您提出的“户口在一起但土地承包合同不在一起能否确权”的问题，以下是我的详细解答：
首先，我们需要明确的是，土地承包经营权的确权登记颁证工作，主要是依据土地承包合同来进行的。根据《不动产登记暂行条例实施细则》以及自然资源部和农业农村部发布的相关通知，土地承包经营权的确权，关键在于承包合同的内容，而非户口是否在一起。
一、确权登记的基本原则
土地承包经营权的确权登记，主要是确认承包方对承包土地的合法权利，并颁发相应的权属证书。这一过程中，自然资源部门负责登记颁证工作，而农业农村部门则负责土地承包合同的管理。两部门需要密切协作，确保登记信息与承包合同信息的一致性。
二、户口与土地承包合同的关系
户口在一起，并不意味着土地承包合同也必然在一起。户口是户籍管理的单位，而土地承包合同则是明确土地承包关系、权利义务的法律文件。两者虽然可能存在一定的关联，但并非必然联系。因此，户口在一起，并不影响土地承包经营权的确权登记，关键在于承包合同的内容。
三、确权登记的具体流程
申请登记：以家庭承包方式取得的土地承包经营权的首次登记，通常由发包方持土地承包经营合同等材料申请。如果土地承包合同不在您手中，但您是实际的承包方，您需要与发包方协商，获取或确认承包合同的内容，并据此申请登记。
审核材料：自然资源部门在收到申请后，会审核承包合同等材料，确认承包方的权利、承包土地的面积、承包期限等信息。
登簿颁证：审核通过后，自然资源部门会将相关信息登簿，并颁发土地承包经营权证书。证书上记载的内容应与承包合同内容一致。
四、特殊情况的处理
如果因为历史原因或其他特殊情况，导致土地承包合同与实际情况存在不符，或者承包合同丢失、损坏等，您需要与发包方协商，重新签订或补办承包合同，并据此申请确权登记。
五、建议与注意事项
保持沟通：与发包方保持密切沟通，确保承包合同的内容准确无误。
及时申请：在符合条件的情况下，及时申请土地承包经营权的确权登记，以维护自己的合法权益。
关注政策变化：密切关注相关政策的变化，了解最新的确权登记要求和流程。
综上所述，户口在一起但土地承包合同不在一起，并不影响土地承包经营权的确权登记。关键在于承包合同的内容是否准确、完整，并据此申请登记。如果您在确权登记过程中遇到任何问题或困难，建议及时咨询当地的自然资源部门或农业农村部门，以获取更具体的指导和帮助。