烟草专卖零售许可证限制某些业态办证是否合法，需分情况讨论：

1. 若限制基于法律法规的明确授权：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国烟草专卖法》及其实施条例，国家对烟草专卖品的生产、销售和进出口实行专卖管理，并实行烟草专卖许可证制度。这意味着，国家有权通过法律法规对烟草专卖零售许可证的发放进行管理和限制。
   • 合法性分析：如果地方政府或烟草专卖行政主管部门根据上位法的授权，制定了具体的实施细则或管理办法，明确限制了某些业态（如学校周边、医院内部等特定区域或特定类型的商业场所）办理烟草专卖零售许可证，且这种限制是为了保护未成年人健康、维护公共秩序或符合其他公共利益需要，那么这种限制是合法的。

2. 若限制缺乏法律法规依据或超出授权范围：

   • 法律依据缺失：如果地方政府或烟草专卖行政主管部门在没有上位法授权或超出上位法授权范围的情况下，自行设定限制条件，禁止某些业态办理烟草专卖零售许可证，那么这种限制可能缺乏法律依据。
   • 合法性分析：在这种情况下，受限制的业态有权依法提出异议，并可以通过行政复议或行政诉讼等法律途径维护自己的合法权益。因为行政机关的行为必须遵循“法无授权不可为”的原则，即没有法律法规的明确授权，行政机关不得擅自设定限制或剥夺公民、法人或其他组织的合法权益。

法律建议：

• 对于受限制的业态：如果认为限制缺乏法律依据或超出授权范围，可以首先向当地烟草专卖行政主管部门提出书面异议，要求其说明限制的法律依据和合理性。如果异议未得到满意答复，可以考虑通过行政复议或行政诉讼等法律途径维护自己的权益。
• 对于烟草专卖行政主管部门：在制定和实施限制措施时，应确保有明确的法律法规依据，并遵循合法、合理、公正、公开的原则。同时，应加强对限制措施的宣传和解释工作，提高公众对限制措施的理解和接受度。

可能法律后果：

• 如果限制措施合法有效，受限制的业态将无法获得烟草专卖零售许可证，从而无法从事烟草制品的零售业务。
• 如果限制措施缺乏法律依据或超出授权范围，受限制的业态有权依法提出异议并维护自己的权益。同时，烟草专卖行政主管部门可能面临行政复议或行政诉讼的败诉风险，并需要承担相应的法律责任。

综上所述，烟草专卖零售许可证限制某些业态办证是否合法，取决于限制措施是否有明确的法律法规依据以及是否超出授权范围。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。