结论：当旧协议仍在有效期内而新协议条款更新时，处理方式主要取决于新协议的性质、双方当事人的意愿以及相关法律法规的规定。以下是从不同角度给出的详细分析和建议。
一、新协议作为旧协议的补充或变更
若新协议明确作为旧协议的补充或变更：
- 在这种情况下，新协议中的条款通常会明确说明其与旧协议的关系，比如“本协议作为对原协议的补充/变更，与原协议具有同等法律效力”等。
- 双方应仔细阅读新协议，确保理解所有条款，并明确新协议中哪些条款是对旧协议的修改或补充，哪些条款是新增的。
- 若双方对新协议无异议，应签署新协议，并按照新协议的条款履行各自义务。此时，新协议中的条款将取代或补充旧协议中的相应条款。
若新协议未明确说明与旧协议的关系：
- 这种情况下，双方应谨慎处理，避免产生歧义。
- 可以考虑在新协议中增加一条款，明确说明新协议与旧协议的关系，比如“本协议与原协议不一致之处，以本协议为准”或“本协议作为原协议的补充，与原协议共同构成双方之间的完整协议”等。
- 若双方无法就新协议与旧协议的关系达成一致，建议寻求法律帮助，以明确双方的权利和义务。
二、新协议与旧协议存在冲突时的处理
若新协议与旧协议存在冲突：
- 冲突条款的处理通常取决于新协议是否明确表示取代旧协议中的相应条款。
- 若新协议明确表示取代旧协议中的某些条款，则应以新协议为准。
- 若新协议未明确表示取代旧协议中的条款，但双方在实际履行中按照新协议执行，且未提出异议，则可能视为双方以实际行为变更了旧协议。
- 若双方对冲突条款的处理存在争议，且无法通过协商解决，建议寻求法律途径解决，比如通过诉讼或仲裁等方式明确双方的权利和义务。
法律后果：
- 若双方未按照新协议或旧协议的条款履行义务，可能构成违约，需要承担相应的法律责任。
- 在处理冲突条款时，应充分考虑双方的利益平衡和公平原则，避免一方因条款冲突而遭受不公平的损失。
三、建议与注意事项
在签署新协议前：
- 仔细阅读新协议的所有条款，确保理解其含义和后果。
- 与对方就新协议与旧协议的关系进行充分沟通，明确双方的权利和义务。
- 如有必要，可以寻求法律专业人士的帮助，对新协议进行审查和修改。
在履行协议过程中：
- 按照协议的条款履行义务，避免违约行为的发生。
- 如遇协议条款不明确或存在争议的情况，及时与对方沟通并寻求解决方案。
- 保留好与协议履行相关的所有证据和文件，以备不时之需。
四、特殊情况处理
- 若旧协议中有关于协议变更或补充的特别约定：如旧协议中明确规定了协议变更或补充的程序和条件，双方应按照这些约定来处理新协议与旧协议的关系。
- 若涉及法律法规的强制性规定：如新协议或旧协议中的某些条款违反了法律法规的强制性规定，这些条款将被视为无效。在这种情况下，双方应遵守法律法规的规定，并重新协商或签署符合法律法规要求的协议。
总之，当旧协议仍在有效期内而新协议条款更新时，双方应谨慎处理新协议与旧协议的关系，确保明确双方的权利和义务。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。