公司将其使用了3年的车子低价过户给个人，被查的可能性存在，但具体大小取决于多种因素。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、税务合规性角度
税务申报与缴纳：
- 公司将车辆低价过户给个人，若未按照市场价格进行税务申报和缴纳相关税费（如增值税、个人所得税等），则存在被税务机关查处的风险。
- 税务机关有权对交易价格进行评估，若认为交易价格明显偏低且无正当理由，可能会核定应纳税额，并要求补缴税款及滞纳金。
税务审计与检查：
- 税务机关会定期或不定期地对企业的税务情况进行审计和检查。若发现公司存在低价转让资产以逃避税收的行为，将依法进行处罚。
二、交易合理性角度
交易价格合理性：
- 若公司以明显低于市场价格的价格将车辆过户给个人，且无法提供合理的解释或证明（如车辆存在严重故障、已接近报废年限等），则可能引发税务机关或相关部门的关注。
- 合理的交易价格应基于车辆的实际状况、市场价值等因素进行确定。
交易背景与目的：
- 若交易背景或目的存在可疑之处（如为了转移资产、逃避债务等），也可能增加被查处的风险。
- 相关部门在调查时，会关注交易双方的关系、交易资金来源及去向等因素。
三、法律合规性角度
公司法规定：
- 根据《公司法》的相关规定，公司应依法进行财务管理和资产处置。若公司低价转让资产且未履行必要的决策程序或信息披露义务，可能违反公司法规定。
- 股东或相关利益方若认为公司行为损害了其利益，有权向相关部门投诉或提起诉讼。
其他法律法规：
- 除公司法外，还可能涉及其他法律法规的约束（如《税收征收管理法》、《合同法》等）。若交易行为违反相关法律法规规定，也可能面临被查处的风险。
四、建议与措施
确保税务合规：
- 在进行车辆过户前，应咨询专业税务人员或律师，确保按照市场价格进行税务申报和缴纳相关税费。
- 保留好相关税务凭证和交易文件，以备税务机关或相关部门检查。
确保交易合理性：
- 对车辆进行全面评估，确定合理的交易价格。
- 保留好车辆评估报告、交易合同等文件，以证明交易价格的合理性。
遵守法律法规：
- 在进行车辆过户时，应遵守公司法、税收征收管理法等相关法律法规的规定。
- 履行必要的决策程序和信息披露义务，确保交易行为的合法性和合规性。
总结来说，公司将其使用了3年的车子低价过户给个人，被查的可能性取决于税务合规性、交易合理性以及法律合规性等多个因素。为确保交易行为的合法性和合规性，建议在进行车辆过户前咨询专业税务人员或律师的意见，并严格按照相关法律法规的规定进行操作。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。