水上动物尸体的处理部门主要取决于动物尸体的来源、性质以及所在地的具体管理规定，但通常情况下，可由以下部门负责处理：

1. 农业农村部门（或原渔业部门）：

   • 如果水上动物尸体来源于渔业生产活动，如养殖鱼类、捕捞鱼类等，那么这些尸体的处理通常由农业农村部门（或原渔业部门）负责。他们可能会根据相关规定，指导或要求养殖户、捕捞者进行无害化处理，以防止疾病传播和环境污染。

2. 环境保护部门：

   • 如果水上动物尸体可能对环境造成污染，如含有有毒有害物质或属于外来物种等，那么环境保护部门可能会介入处理。他们可能会要求相关责任方进行清理，并采取措施防止污染扩散。

3. 城市管理部门（或市政部门）：

   • 在城市水域范围内，如果水上动物尸体影响了市容市貌或公共卫生，城市管理部门（或市政部门）可能会负责清理。他们可能会组织专业队伍进行打捞和处理，以保持水域的清洁和美观。

4. 卫生健康部门：

   • 如果水上动物尸体可能携带病原体或寄生虫，对公共卫生构成威胁，卫生健康部门可能会参与处理。他们可能会提供技术指导或监督处理过程，确保尸体得到安全、有效的处理。

在实际操作中，处理水上动物尸体时还需注意以下几点：

• 及时报告：发现水上动物尸体后，应及时向相关部门报告，以便他们及时组织处理。
• 无害化处理：无论由哪个部门负责处理，都应确保尸体得到无害化处理，以防止疾病传播和环境污染。
• 遵守规定：在处理过程中，应遵守相关法律法规和规定，确保处理行为的合法性和合规性。

若您遇到水上动物尸体处理的具体问题，如不确定应由哪个部门处理或处理过程中遇到纠纷等，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，提供专业的法律建议和帮助。