在承包期内耕地被他人强占埋坟，属于侵犯土地承包经营权的行为，您有权要求对方停止侵害、恢复原状并赔偿损失，具体处理方式如下：

1. 协商解决
   首先可尝试与对方沟通，明确告知其行为已违反《农村土地承包法》第9条（承包方依法享有承包地使用、收益的权利）及第17条（承包方有权自主组织生产经营和处置产品），要求其限期迁出坟墓并恢复土地原状。若对方配合，建议签订书面协议明确迁出时间及责任，避免后续纠纷。

2. 向基层组织求助
   若协商无果，可向村委会或乡镇政府反映情况，请求调解。根据《土地管理法》第14条，土地所有权和使用权争议由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。基层组织介入后，可能通过协调划定其他土地用于迁坟，或督促对方承担恢复费用。

3. 行政投诉
   若对方行为涉嫌违反《殡葬管理条例》第10条（禁止在耕地建造坟墓），可向当地民政部门或自然资源部门举报。行政部门有权责令限期改正，并可处以罚款（具体标准因地区而异）。

4. 民事诉讼
   若上述途径均无效，可直接向法院起诉，主张：

   • 停止侵害：要求对方立即停止占用土地；
     
   • 恢复原状：要求填埋坟墓、复垦土地；
     
   • 赔偿损失：包括土地收益损失（如无法耕种导致的减产）、恢复费用等。
     需注意：诉讼时效为3年，自知道权利被侵害之日起计算，建议尽快行动。

5. 特殊情形处理

   • 若对方主张“祖坟”等传统习俗，法律上仍需以土地承包合同为准，但可考虑通过调解给予合理迁坟期限；
     
   • 若涉及多人强占或暴力阻挠，立即报警并保留证据（如照片、视频、证人证言），对方可能涉嫌违反《治安管理处罚法》第49条（故意损毁财物）或《刑法》第275条（故意毁坏财物罪）。

行动建议：

1. 立即拍照、录像固定现场证据；
   
2. 收集土地承包合同、权属证书等证明材料；
   
3. 优先通过基层调解或行政投诉快速解决；
   
4. 若情况紧急或对方态度强硬，直接委托律师介入谈判或起诉。
   

如有进一步细节（如对方身份、占地时间等），可随时补充说明，我会为您分析具体应对策略。