结论：军队文职人员申请辞职后被要求赔偿金，是否可以撤回申请需分情况讨论，主要取决于辞职申请的提交状态、单位是否已作出处理决定以及双方是否已就赔偿金问题达成一致等因素。
一、辞职申请的提交与撤回
申请尚未提交或处于内部审核阶段：
- 如果辞职申请尚未正式提交给上级部门或仍处于单位内部审核流程中，您通常有权撤回申请。此时，建议您尽快与单位人事部门或直接上级沟通，明确表达撤回申请的意愿，并按照单位规定的流程办理撤回手续。
申请已提交且单位已作出处理决定：
- 一旦辞职申请被正式提交且单位已经作出处理决定（如批准辞职、要求赔偿金等），撤回申请的难度将大大增加。此时，单位可能已经根据您的辞职申请进行了相应的工作安排和人员调整，撤回申请可能会给单位带来不必要的困扰和损失。
二、赔偿金问题的处理
赔偿金要求的合法性：
- 首先，需要明确单位要求赔偿金的依据是否合法。根据《军队文职人员管理条例》及相关法律法规，单位在特定情况下（如文职人员违反合同约定、给单位造成损失等）有权要求赔偿。但赔偿金的数额和支付方式应当合理、合法，并符合相关规定。
协商与调解：
- 如果单位要求赔偿金，而您认为该要求不合理或无法接受，可以尝试与单位进行协商和调解。在协商过程中，您可以表达撤回辞职申请的意愿，并就赔偿金问题提出自己的看法和建议。如果双方能够达成一致意见，可以签订书面协议明确各自的权利和义务。
法律途径：
- 如果协商和调解无法解决问题，您可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益。这包括向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼等。在仲裁或诉讼过程中，您需要提供充分的证据证明自己的主张，并接受仲裁机构或法院的裁决。
三、实际操作建议
及时沟通：
- 无论您是否打算撤回辞职申请，都建议及时与单位人事部门或直接上级进行沟通。通过沟通，您可以更好地了解单位的态度和要求，为后续的处理提供有力支持。
保留证据：
- 在处理辞职和赔偿金问题的过程中，务必保留好相关证据。这包括辞职申请书、单位处理决定、协商记录、赔偿金要求依据等。这些证据将在后续的处理过程中发挥重要作用。
寻求专业帮助：
- 如果您对辞职和赔偿金问题存在疑问或无法自行处理，可以寻求专业律师的帮助。律师将根据您的具体情况提供法律咨询和代理服务，帮助您维护自己的合法权益。
最后，军队文职人员申请辞职后被要求赔偿金是否可以撤回申请，需根据具体情况进行判断和处理。如果您在此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。