侵权文件已被删除后，仍然可以进行公证。以下从不同角度为你详细分析：
公证的本质与目的
公证是公证机构根据自然人、法人或者其他组织的申请，依照法定程序对民事法律行为、有法律意义的事实和文书的真实性、合法性予以证明的活动。其核心目的在于固定证据，证明某一事实或状态在某一时间点的存在或发生。因此，即使侵权文件已被删除，只要能够证明该文件在删除前确实存在且构成侵权，公证仍然具有法律效力。
侵权文件删除后的公证方式
对删除行为的公证：
- 如果侵权文件是通过特定方式（如网络删除、物理销毁等）被删除的，可以对删除行为本身进行公证。这有助于证明侵权文件确实已被删除，以及删除的时间、方式等关键信息。
对侵权文件存在过的证据进行公证：
- 即使侵权文件已被删除，但可能仍存在其他证据能够证明其曾经存在且构成侵权。例如，截图、聊天记录、邮件往来、第三方存储记录等。这些证据可以被公证，以证明侵权事实的存在。
对侵权后果的公证：
- 如果侵权文件已经造成了实际损害（如经济损失、名誉损害等），可以对这些损害后果进行公证。这有助于在后续的法律程序中主张赔偿或采取其他救济措施。
公证的法律效力与后续使用
- 法律效力：经过公证的证据在法律上具有更高的证明力。在诉讼或仲裁等法律程序中，公证证据通常会被优先采纳，并作为认定事实的重要依据。
- 后续使用：公证后的证据可以用于多种法律目的，如提起诉讼、申请仲裁、进行和解谈判等。它有助于增强你的主张的可信度，并为你争取更有利的法律结果提供有力支持。
注意事项与建议
及时公证：
- 一旦发现侵权文件并被删除，应尽快进行公证。因为随着时间的推移，相关证据可能会逐渐消失或变得难以获取。
全面收集证据：
- 在进行公证前，应尽可能全面地收集与侵权文件相关的所有证据。这包括侵权文件本身（如果可能的话）、删除行为的证据、侵权后果的证据等。
咨询专业律师：
- 在进行公证前或公证过程中，如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。我可以根据你的具体情况提供针对性的法律指导。
总结来说，侵权文件已被删除后仍然可以进行公证。你可以通过公证删除行为、侵权文件存在过的证据或侵权后果等方式来固定相关事实。公证后的证据在法律上具有更高的证明力，并可以用于多种法律目的。如有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我提问。