结论：校长是否会处理作为老师的小三，主要取决于学校的管理规定、师德师风要求以及校长对事件的认知和态度，原配是否起诉并非校长决定是否处理的直接因素。以下从不同角度进行分析：
一、学校管理规定与师德师风要求
学校管理规定：
- 许多学校都有明确的管理规定，要求教师遵守职业道德，不得有违背公序良俗的行为。如果小三的行为违反了学校的管理规定，校长有权根据规定对其进行处理。
- 处理方式可能包括警告、记过、降职、解聘等，具体取决于违规的严重程度和学校的规定。
师德师风要求：
- 教育行业对教师的师德师风有严格要求，包括忠诚于教育事业、关爱学生、为人师表等。如果小三的行为违背了这些要求，校长可能会考虑对其进行处理，以维护学校的声誉和教师的形象。
二、校长对事件的认知和态度
认知程度：
- 校长是否了解小三的行为，以及了解的程度如何，会影响其是否决定处理。如果校长对事件一无所知，或者只是道听途说，可能不会立即采取行动。
- 如果校长通过可靠渠道了解了事件的详细情况，并认为小三的行为确实违反了学校规定或师德师风要求，那么更有可能决定进行处理。
态度倾向：
- 校长对小三行为的态度也会影响其处理决定。如果校长认为这是一种严重的违规行为，需要严肃处理以儆效尤，那么可能会采取较严厉的措施。
- 如果校长认为这只是一种个人行为，与学校教学无关，或者认为处理起来会引发不必要的麻烦，那么可能会选择不处理或轻处理。
三、原配是否起诉的影响
- 原配是否起诉小三，主要影响的是小三可能面临的法律责任，如民事赔偿、刑事责任等。这并不直接影响校长是否决定对小三进行处理。
- 然而，如果原配的起诉引起了社会广泛关注，或者对学校的声誉造成了负面影响，校长可能会出于维护学校形象的考虑，对小三进行处理。
四、建议与提醒
如果原配希望校长处理小三：
- 可以向学校提供详细的证据和情况说明，帮助校长了解事件的真相和严重程度。
- 可以联合其他师生或家长，共同向学校反映情况，增加校长处理小三的压力和动力。
如果小三担心被校长处理：
- 应该认识到自己的行为可能违反了学校规定或师德师风要求，主动改正错误，避免类似行为再次发生。
- 可以积极与学校沟通，解释自己的情况，争取学校的理解和宽容处理。
最后，每个学校的情况和校长的处理方式都可能不同，因此无法给出绝对的答案。如果你或他人面临类似情况，建议直接向我咨询，我会根据具体情况提供更详细的法律建议和帮助。