针对您提出的“民事合同一开始就有违约行为发生，且该违约行为持续多年，诉讼时效如何计算”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、一般诉讼时效期间
根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年。这一规定同样适用于因违约行为产生的纠纷，除非法律另有特别规定。
二、诉讼时效的起算点
持续违约行为的特殊性：
- 当合同约定的履行期限届满后，违约方仍未履行合同义务，且此不履行状态一直持续，即构成持续违约。对于持续违约行为，诉讼时效的起算点并非从违约开始时算起，而是从违约行为结束之日起计算。
具体起算情形：
- 如果合同明确约定了履行期限，而违约方在履行期限届满时未履行义务且违约行为持续，那么诉讼时效从违约行为终止时开始计算。例如，租赁合同到期后承租人继续占用房屋而不支付租金，诉讼时效从承租人不再占有使用房屋（即违约行为终止）时开始计算。
- 对于没有约定履行期限的合同，债权人可以随时要求债务人履行义务，但需给予对方必要的准备时间。如果债务人在债权人要求的宽限期内仍未履行义务且违约行为持续，诉讼时效则从宽限期届满之日开始起算。
三、诉讼时效的中断与中止
诉讼时效的中断：
- 在诉讼时效期间内，如果权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务、权利人提起诉讼或申请仲裁等，诉讼时效将中断。中断后，诉讼时效期间重新计算，即再次开始三年的计算周期。
- 以房屋租赁合同为例，如果出租人在租赁期内向承租人催讨租金，那么诉讼时效即中断，并从催讨之日起重新开始计算。
诉讼时效的中止：
- 在诉讼时效期间的最后六个月内，如果因不可抗力或其他法定障碍导致权利人不能行使请求权，诉讼时效将中止。自中止时效的原因消除之日起满六个月，诉讼时效期间届满。
四、特殊情况处理
最长权利保护期间：
- 自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护。这一规定是为了防止权利长期不行使而导致的法律关系不确定。但有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
分期履行债务与继续性合同：
- 如果当事人约定同一债务分期履行，诉讼时效期间自最后一期履行期限届满之日起计算。
- 对于继续性合同，如供水、供电合同，每月产生的新债权，其诉讼时效分别从该月应支付期限届满之日起算，而非整个合同履行完毕之日。
五、实际操作建议
- 作为权利人，您应密切关注诉讼时效的进展，确保在法定期限内提起诉讼或采取其他法律措施。
- 在面对持续违约行为时，您应及时固定证据，明确违约行为的起始和终止时间，以便准确计算诉讼时效。
- 如遇不可抗力或其他法定障碍导致无法行使请求权，您应及时向法院申请诉讼时效中止，以保留自己的法律权利。
综上所述，对于持续违约行为的诉讼时效问题，您需综合考虑法律规定、违约行为的具体情况以及是否存在中断、中止等情形。希望以上解答能对您有所帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时咨询。