结论：员工有事请假领导不批准，否则就按旷工处理扣三倍工资，这一做法通常是不合法的。下面我将从多个角度为你详细分析。
合法性分析
关于请假批准权：
- 员工享有合理的请假权利，这是劳动法赋予的基本权益之一。领导对于员工的请假申请，应当根据实际情况进行合理审批，而非一概拒绝。
- 如果员工因合理事由（如疾病、家庭紧急情况等）需要请假，且提供了相应的证明材料，领导无正当理由拒绝批准，可能构成对员工权益的侵犯。
关于旷工处理：
- 旷工通常指的是员工无正当理由未到岗工作的情况。如果员工已经按照公司规定提交了请假申请，且请假事由合理，那么领导将其视为旷工是不恰当的。
- 旷工的处理应当遵循公司规章制度和劳动法的相关规定，不能随意加重处罚。扣三倍工资作为旷工的处罚措施，通常缺乏法律依据，且可能构成对员工劳动报酬的非法克扣。
关于工资扣减：
- 根据劳动法的规定，员工的工资应当按照劳动合同的约定和国家规定进行支付。除非员工存在严重违反公司规章制度或劳动法的行为，否则公司不得随意扣减员工工资。
- 扣三倍工资作为对员工请假的处罚，显然超出了合理范围，且可能违反劳动法的相关规定。
法律建议
与公司沟通：
- 如果员工遇到领导不批准请假且威胁扣三倍工资的情况，首先应当尝试与公司进行沟通，解释请假事由的合理性，并要求公司按照法律规定和公司规章制度处理。
收集证据：
- 员工应当保留好请假申请、相关证明材料以及与公司的沟通记录等证据，以备不时之需。
寻求法律援助：
- 如果公司坚持非法扣减工资或拒绝批准合理请假，员工可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助，维护自己的合法权益。
可能的法律后果
- 如果公司非法扣减员工工资或拒绝批准合理请假，可能面临劳动监察部门的处罚，包括责令改正、罚款等。
- 员工也有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付被非法扣减的工资、赔偿金等。
总结：员工有事请假领导不批准，否则就按旷工处理扣三倍工资的做法通常是不合法的。员工应当了解自己的合法权益，并在遇到问题时积极与公司沟通、收集证据并寻求法律援助。如果你还有其他关于劳动工伤或劳动仲裁的问题，可以直接向我咨询。