结论概述：体制内的人因男女关系被查，但双方已结束关系很久，女方是否会被追责，需根据具体情况判断，包括是否存在违法行为、证据是否充分以及法律的具体规定等。以下从不同角度进行详细分析。

1. 是否存在违法行为：

   • 首先，要明确的是，单纯的男女关系，即使是在体制内，也不一定构成违法行为。关键在于这种关系是否违反了法律法规，如是否涉及重婚、通奸（在部分法律体系下可能构成违法，但我国现行法律并未将通奸明确列为犯罪行为）、利用职权进行性交易等。
   • 如果双方的关系并未涉及上述违法行为，那么女方通常不会被追责。因为法律不会对没有违法行为的个人进行处罚。

2. 证据是否充分：

   • 即使存在违法行为，也需要有充分的证据来证明。在法律程序中，证据是认定事实的基础。如果缺乏足够的证据来支持对女方的指控，那么女方也不会被追责。
   • 证据的收集、保存和呈现都需要符合法律程序的要求，否则即使证据本身真实，也可能因为程序问题而不被采纳。

3. 法律的具体规定：

   • 不同的违法行为对应着不同的法律后果。例如，如果涉及重婚，那么根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，重婚者可能会面临刑事处罚。但如果是其他不构成犯罪的男女关系问题，则可能只涉及道德层面的谴责或单位内部的纪律处分。
   • 此外，还需要考虑法律的时间效力。如果违法行为发生在很久之前，且已经超过了法律规定的追诉时效，那么女方也不会被追责。

4. 体制内的特殊规定：

   • 体制内单位（如政府机关、事业单位等）往往有其内部的规章制度和纪律要求。这些规定可能比法律法规更为严格，对员工的私生活也有一定的约束。
   • 如果体制内的人因男女关系问题违反了单位内部的规章制度或纪律要求，即使这种关系本身不构成违法行为，女方也可能面临单位内部的纪律处分，如警告、记过、降职、开除等。但这种处分与法律追责是不同的概念。

法律建议：

• 如果女方担心自己可能因过去的男女关系问题而被追责，建议首先咨询专业律师，了解自己的法律地位和可能面临的法律后果。
• 同时，女方也可以主动与相关单位或部门沟通，了解是否存在针对自己的指控或调查，并积极配合调查工作，以证明自己的清白或减轻可能的处罚。

可能后果：

• 如果女方确实存在违法行为且证据充分，那么她可能会面临法律处罚，包括刑事处罚和民事赔偿等。
• 如果女方不存在违法行为或证据不足，那么她通常不会被追责。但可能仍需面对单位内部的纪律处分或社会舆论的压力。

总之，体制内的人因男女关系被查，但双方已结束关系很久，女方是否会被追责需根据具体情况判断。如果有任何疑问或担忧，建议直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。