结论：工程款扣除质保金后是否开具收据，需根据双方约定及实际交易习惯来判断，若双方有明确约定或行业惯例要求开具收据，则扣除质保金后开具收据是合理的；若无明确约定，则需结合具体情况分析其合理性。以下从不同角度进行详细分析：
一、合同约定角度
有明确约定：
- 如果双方在工程合同中明确约定了工程款支付方式，包括质保金的扣除及收据的开具等条款，那么双方应严格按照合同约定执行。
- 在这种情况下，扣除质保金后开具收据是合同约定的义务，因此是合理的。
无明确约定：
- 如果合同中没有明确约定工程款扣除质保金后是否开具收据，那么双方应依据行业惯例或交易习惯来处理。
- 若行业惯例或交易习惯中要求开具收据，则扣除质保金后开具收据也是合理的；若无此惯例或习惯，则双方可协商确定是否开具收据。
二、法律义务角度
收据的法律性质：
- 收据是证明款项收付的凭证，具有证明交易事实的作用。
- 在法律上，收据并非强制性的法律文件，但它是双方交易的重要证据之一。
开具收据的义务：
- 除非法律另有规定或双方另有约定，否则一方并无强制义务为另一方开具收据。
- 然而，从诚信和公平交易的角度出发，如果一方要求开具收据作为交易凭证，另一方通常应予以配合。
三、实际操作角度
行业惯例：
- 在建设工程领域，扣除质保金后开具收据可能是一种常见的行业惯例。
- 如果双方均遵循此惯例，则扣除质保金后开具收据是合理的。
交易习惯：
- 除了行业惯例外，双方之间的交易习惯也可能影响收据的开具。
- 如果双方在过去的交易中一直遵循扣除质保金后开具收据的习惯，那么在此次交易中继续遵循这一习惯也是合理的。
四、建议与风险提示
建议：
- 为了避免纠纷和误解，建议双方在工程合同中明确约定工程款支付方式、质保金的扣除及收据的开具等条款。
- 如果合同中没有明确约定，双方可在交易过程中协商确定是否开具收据，并尽量以书面形式记录下来。
风险提示：
- 如果一方拒绝开具收据而另一方又无法提供其他证据证明款项收付情况，可能导致在后续纠纷中处于不利地位。
- 因此，建议双方在交易过程中注意保留相关证据，如转账记录、聊天记录等，以备不时之需。
最后，如果您在工程款纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业、全面的法律建议。