结论：跟合作方合作办理健康证是否合法，需分情况讨论，关键在于合作模式是否符合法律法规要求。以下从不同角度展开分析：

1. 若合作方为合法医疗机构，且合作模式合规，则合法

• 法律依据：根据《食品安全法》《公共场所卫生管理条例》等规定，健康证需由具备资质的医疗机构（如疾控中心、医院等）出具。若合作方是此类机构，且双方合作仅涉及协助体检、资料整理等辅助性工作（如企业统一组织员工到指定机构体检），不涉及伪造、变造证件或干预体检结果，则属于合法合作。
• 关键点：合作方必须具备法定资质，且合作内容不违反“健康证必须真实反映体检结果”的核心要求。

2. 若合作方无资质或合作模式违法，则不合法

• 常见违法情形：
  • 无资质机构参与：若合作方为非医疗机构（如咨询公司、中介机构），却以“合作”名义直接办理或发放健康证，属于非法行医或伪造证件，可能涉嫌《刑法》第280条“伪造、变造、买卖国家机关公文、证件罪”。
  • 干预体检结果：若合作中存在“包过”“免检”等约定，或通过贿赂、篡改数据等方式使未达标者获得健康证，违反《传染病防治法》《医疗机构管理条例》，可能面临行政处罚（如罚款、吊销执照）或刑事责任。
  • 数据泄露风险：若合作中未妥善保管体检者个人信息，导致隐私泄露，可能违反《个人信息保护法》，需承担民事赔偿或行政责任。

3. 企业合作时的合规建议

• 审核合作方资质：要求合作方提供《医疗机构执业许可证》，确认其具备健康证办理资质。
• 明确合作边界：在合同中约定合作内容仅限于“组织体检、传递资料”等辅助性工作，禁止任何干预体检结果的行为。
• 监督体检流程：企业可派员监督体检过程，确保员工真实接受检查，避免“代检”“虚假体检”等风险。
• 留存证据：保存合作协议、体检报告、付款凭证等文件，以备监管部门核查。

总结：合作办理健康证的合法性取决于合作方资质和合作模式。建议企业在合作前充分审查对方资质，明确合作内容，并监督体检流程，避免法律风险。若有具体合作方案或纠纷，可直接向我咨询细节。