对于主要证据不足的案子，司法实践中会依据不同诉讼阶段的相关法律规定，并遵循“疑罪从无”的原则来处理，以确保司法公正。以下是从不同诉讼阶段对这一问题的详细解答：
侦查阶段
- 撤销案件：若公安机关在侦查过程中发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百六十三条，应当撤销案件。若犯罪嫌疑人已被逮捕，应立即释放，并发给释放证明，同时通知原批准逮捕的人民检察院。
- 补充侦查：若因证据不足，公安机关可继续开展侦查工作，收集、调取相关证据材料，以完善证据链，确保案件的顺利推进。
审查起诉阶段
- 退回补充侦查：依据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十五条，人民检察院在审查案件时，若发现需要补充侦查的，可退回公安机关补充侦查，或自行侦查。补充侦查应在一个月内完成，且以二次为限，以确保案件的及时处理。
- 作出不起诉决定：对于经过二次补充侦查仍认为证据不足，不符合起诉条件的案件，人民检察院应依法作出不起诉决定。若被不起诉人在押，应立即释放，以保障其合法权益。
审判阶段
- 无罪判决：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百六十条，法院在审理过程中，若发现证据不足，不能认定被告人有罪的，应作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。若被告人在押，宣判后应立即释放，体现司法的人道主义精神。
- 建议补充侦查与延期审理：在法庭审理中，若检察人员发现案件需要补充侦查，并提出建议，法院可延期审理。检察院应在一个月内补充侦查完毕。若检察院不进行补充侦查或补充侦查后仍证据不足，法院应依法判决，确保案件的公正处理。
- 抗诉与再审：若检察院认为法院的无罪判决确有错误、符合抗诉条件，可提起抗诉。接受抗诉的法院应组成合议庭重新审理。对于原判决事实不清楚或证据不足的案件，上级法院可指令下级法院再审，必要时也可提审改判，以维护司法的权威性和公正性。
民事诉讼中的处理
- 在民事诉讼中，当事人对自己提出的主张有责任提供证据。若当事人提供的证据不足以证明其主张的事实，根据“谁主张、谁举证”的原则，由负有举证责任的当事人承担不利后果，法院可能会驳回其诉讼请求。这要求当事人在提起诉讼时，必须充分准备证据，以确保自己的权益得到保障。
总结与建议：
- 对于主要证据不足的案子，无论是刑事诉讼还是民事诉讼，都应严格遵循法定程序进行处理。
- 在刑事诉讼中，应坚持“疑罪从无”的原则，保护被告人的合法权益，避免错误定罪。
- 在民事诉讼中，当事人应充分准备证据，以支持自己的主张，否则可能承担不利后果。
- 若您或您身边的人遇到类似情况，建议及时咨询专业律师，以便更好地了解案件进展和应对策略。
希望以上解答能对您有所帮助。如果您有任何其他法律问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。