结论：丙方委托甲方代扣乙方工程款是否合法，需根据具体情况判断，包括合同约定、法律规定以及各方之间的真实意思表示等因素。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
若合同中有明确约定：如果工程劳务合同中明确约定了丙方可以委托甲方代扣乙方工程款，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么这种代扣行为是合法的。因为合同是当事人之间设立、变更、终止民事关系的协议，只要合同内容合法，当事人就应当按照合同约定履行自己的义务。
若合同中无明确约定：如果合同中没有明确约定丙方可以委托甲方代扣乙方工程款，那么这种代扣行为可能缺乏合同依据。在这种情况下，丙方单方面要求甲方代扣乙方工程款，可能构成违约或侵权，需要承担相应的法律责任。
二、法律规定角度
代扣代缴的合法性：根据相关法律法规，代扣代缴通常适用于税收、社会保险费等法定扣缴义务。在工程劳务合同中，除非法律有特别规定或合同有明确约定，否则一般不存在法定的代扣代缴义务。因此，丙方委托甲方代扣乙方工程款，如果没有法律特别规定或合同明确约定，可能缺乏法律依据。
债权转让与债务承担：如果丙方希望甲方代扣乙方工程款，实际上可能涉及到债权转让或债务承担的问题。债权转让需要通知债务人（乙方），并经过债务人同意（除非法律另有规定）；债务承担则需要债权人（丙方）和债务人（乙方）之间的明确约定。如果未经乙方同意，丙方单方面要求甲方代扣乙方工程款，可能构成对乙方权益的侵害。
三、实际操作与风险防范
明确合同条款：为了避免纠纷和风险，建议在工程劳务合同中明确约定代扣代缴的相关条款，包括代扣的范围、方式、时间等，并确保这些条款不违反法律、行政法规的强制性规定。
获得乙方同意：如果丙方确实需要委托甲方代扣乙方工程款，应当事先获得乙方的明确同意，并签订书面协议。这样可以确保代扣行为的合法性和有效性，避免后续纠纷。
保留相关证据：在实际操作中，各方应当保留好与代扣代缴相关的证据材料，如合同、协议、通知、付款凭证等。这些证据材料在后续纠纷解决中可能起到关键作用。
建议：如果你作为合同的一方（无论是甲方、乙方还是丙方），在面临类似问题时，建议先仔细审查合同条款和法律规定，确保自己的行为合法合规。如果有任何疑问或不确定之处，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见和解决方案。