没有农村土地承包经营权证但有股权证的情况下，补发农村土地承包经营权证需分情况处理，具体如下：

1. 若您符合承包经营权证发放条件但未领取
   根据《农村土地承包法》第二十三条，承包合同自成立之日起生效，承包方自合同生效时取得土地承包经营权。若您已签订承包合同但未领取证书，可向当地县级以上地方人民政府农业农村主管部门（原农业局）申请补发。需提交以下材料：

   • 承包合同原件或复印件（证明承包关系存在）；
     
   • 身份证明（身份证、户口本等）；
     
   • 集体经济组织成员证明（如村委会出具的承包资格证明）；
     
   • 股权证（若股权证与土地承包权关联，可作为辅助证明材料）。
     农业农村主管部门会核查承包合同、土地登记簿等档案，确认无误后补发证书。

2. 若您未签订承包合同但持有股权证
   股权证通常反映的是集体资产收益分配权，而非直接的土地承包经营权。此时需分两步处理：

   • 第一步：确认承包资格：向村委会或集体经济组织申请确认您是否享有土地承包权（如因历史原因未签订合同但实际承包土地）。若确认资格，需补签承包合同；
     
   • 第二步：申请发证：凭补签的承包合同及上述材料，向农业农村主管部门申请颁发承包经营权证。
     注：若集体已统一完成承包地确权登记，您可能需通过集体组织统一申请补发，个人直接申请可能受限。

3. 若因证书遗失或损毁需补办
   若您曾持有承包经营权证但遗失，可向原发证机关申请补办，需提交：

   • 遗失声明（登报或村委会证明）；
     
   • 身份证明；
     
   • 承包合同（若原件也遗失，需村委会出具承包关系证明）。
     发证机关会核查档案后补发新证，原证编号作废。

关键提醒：

• 股权证与承包经营权证性质不同，前者是集体收益分配凭证，后者是土地权利证明，二者无直接替代关系；
  
• 补发证书的核心是证明承包关系存在，材料需围绕承包合同、集体证明展开；
  
• 若涉及土地权属争议（如与其他村民或集体有纠纷），需先通过调解、仲裁或诉讼解决争议，再申请发证。
  

如有具体材料或流程疑问，可进一步向我说明情况，我会为您详细解答。