结论：在合同纠纷中，要求下游商家付款提货并同时要求上游商家回购的情况，能否在同一案件中处理，主要取决于这两个请求之间是否存在法律上的关联性和可合并性，以及是否符合民事诉讼的相关规定。一般情况下，如果这两个请求基于同一法律关系或事实，且符合合并审理的条件，是可以在同一案件中处理的；但如果它们基于不同的法律关系或事实，或者不符合合并审理的条件，则可能需要分别立案处理。
详细分析：
法律关联性：
- 如果要求下游商家付款提货和要求上游商家回购这两个请求是基于同一份合同或相关联的合同产生的，且这两个请求之间存在法律上的牵连关系（例如，回购条款是原销售合同的一部分，或者两个合同之间存在相互依赖的关系），那么这两个请求很可能具有法律上的关联性，可以在同一案件中处理。
- 如果这两个请求是基于完全独立的合同或事实产生的，且它们之间没有法律上的牵连关系，那么它们可能需要分别立案处理。
合并审理的条件：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，合并审理通常要求案件之间存在关联性，且合并审理有利于节约司法资源、提高审判效率。
- 如果要求下游商家付款提货和要求上游商家回购这两个请求满足合并审理的条件，法院可能会考虑将它们合并审理。
实际操作建议：
- 梳理法律关系：首先，需要仔细梳理要求下游商家付款提货和要求上游商家回购这两个请求之间的法律关系，确定它们是否基于同一法律关系或事实。
- 准备证据材料：根据梳理出的法律关系，准备相应的证据材料，以支持你的诉讼请求。
- 咨询专业律师：在提起诉讼前，建议咨询专业律师，对案件进行全面评估，确定最佳的诉讼策略。律师可以根据你的具体情况，为你提供更详细的法律建议和指导。
可能的情况与后果：
- 情况一：如果两个请求具有法律关联性且符合合并审理条件，法院可能会将它们合并审理。这将有助于节约司法资源、提高审判效率，并可能减少你的诉讼成本。
- 情况二：如果两个请求不具有法律关联性或不符合合并审理条件，法院可能会要求你分别立案处理。这将增加你的诉讼成本和时间成本，但也有助于确保每个案件都能得到充分的审理和判决。
进一步思考：
- 在处理此类合同纠纷时，除了考虑法律关联性和合并审理的条件外，还需要考虑合同的具体条款、双方当事人的约定以及相关法律法规的规定。
- 如果合同中存在明确的回购条款或相关约定，这将为你的诉讼请求提供有力的支持。
- 如果合同条款存在模糊或不明确的地方，可能需要通过法律解释或证据证明来明确双方的权利和义务。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。