合作社在存在欠款的情况下，是不能直接进行注销的。合作社注销过程中的债务处理必须严格遵循法定程序和要求，以保障债权人的合法权益。以下是关于合作社注销时债务处理的详细解答：
一、清算启动与前置条件
合作社在决定解散并注销前，必须依法进行清算。这通常意味着在解散事由出现后，合作社应在十五日内由成员大会推举成员组成清算组，开始解散清算。如果逾期未能组成清算组，成员或债权人可以向人民法院申请指定成员组成清算组，法院会受理并及时指定。
二、债权通知与公告
清算组成立后，有义务在十日内通知已知债权人，并在六十日内通过报纸等媒体进行公告。债权人应在接到通知书后三十日内，或未接到通知书的情况下自公告之日起四十五日内，向清算组申报债权，并提供相关证明材料。清算组需要对这些债权进行登记，但在清算期间不得对债权人进行清偿。
三、债务清偿与财产分配
清偿顺序：清算组需要清理合作社的财产，编制资产负债表和财产清单，并制定清算方案。这个方案需要报成员大会或人民法院确认。合作社的财产应首先用于支付清算费用、职工工资、社会保险费用和法定补偿金，然后缴纳所欠税款，最后清偿合作社的债务。
剩余财产分配：在清偿完所有债务后，剩余的财产可以按照成员大会确定的方案或法律规定分配给成员。但需要注意的是，分配时要遵守《农民专业合作社法》对可分配给成员的最高限额规定。
特殊财产处置限制：在清偿债务前，合作社的剩余财产不得分配给成员。否则，债权人可以请求人民法院指定有关人员进行清算。
四、特殊情况处理
财产不足清偿债务：如果清算组发现合作社的财产不足以清偿债务，应依法向人民法院申请宣告破产。合作社破产后，将适用企业破产法的相关规定。但破产财产在清偿破产费用和共益债务后，应优先清偿破产前与农民成员已发生交易但尚未结清的款项。
未经清算即注销的责任：如果合作社未经依法清算即办理注销登记，导致无法进行清算，相关责任人员（如理事、监事等高级管理人员及实际控制人）可能需要对债务承担相应责任。债权人也可以主张这些责任人员对合作社债务承担清偿责任。
五、注销登记与后续事宜
注销登记：清算结束后，清算组应制作清算报告，并经成员大会或人民法院确认后，报送登记机关申请注销合作社登记。同时，需要公告合作社终止。
遗留债务处理：如果合作社注销后仍留有未了结的债务，且这是由于未按规定组织清算所致，那么应由清算组成员或承担清算义务的人承担责任。他们作为合作社的管理者和经营者，有责任确保合作社的合法注销及债权债务的妥善处理。
总结与建议：
合作社在存在欠款的情况下不能直接注销。必须依法进行清算，清偿所有债务后，才能申请注销登记。在实际操作中，建议合作社咨询专业律师以获取更具体的法律指导和帮助，确保注销过程的合法性和债权人的权益得到充分保障。