公司自然人股东为自己公司债务提供担保，一般情况下并不需要股东会通过，但具体需结合公司章程及实际情况判断。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据与一般原则

根据《中华人民共和国公司法》第十六条的规定，公司向其他企业投资或者为他人提供担保，通常依照公司章程的规定，由董事会或者股东会、股东大会决议。然而，该条款主要规范的是公司为“他人”提供担保的情形。当公司自然人股东为自己公司的债务提供担保时，这实际上是一种自我担保行为，并不直接涉及公司对外部第三方的担保，因此，在一般情况下，并不直接要求必须经过股东会决议。

二、公司章程的特别规定

尽管法律没有明确规定公司自然人股东为自己公司债务提供担保必须经过股东会决议，但公司章程可能对此有特别规定。如果公司章程中明确规定了此类担保需要经过股东会或董事会的决议，那么就必须遵循公司章程的规定。因此，在实际操作中，应首先查阅公司章程，了解是否有相关特别规定。

三、实践中的考虑因素

1. 保护公司利益：即使法律没有明确要求，从保护公司利益的角度出发，如果担保行为可能对公司产生重大影响，如涉及大额担保或可能对公司财务状况产生显著影响，那么建议通过股东会或董事会进行决议，以确保决策的透明度和公正性。

2. 股东间的利益平衡：在多股东的公司中，如果某一股东为自己公司的债务提供担保，可能会涉及其他股东的利益。因此，通过股东会进行决议可以平衡各股东之间的利益，避免潜在纠纷。

3. 避免法律风险：尽管法律没有明确规定，但如果担保行为未经适当程序（如股东会决议）而引发纠纷，公司可能面临法律风险。例如，其他股东可能主张担保行为无效或要求赔偿损失等。

四、法律建议

1. 查阅公司章程：首先，应查阅公司章程，了解是否有关于公司自然人股东为自己公司债务提供担保的特别规定。

2. 遵循适当程序：如果公司章程没有特别规定，但担保行为可能对公司产生重大影响或涉及多股东利益，建议通过股东会或董事会进行决议，以确保决策的合法性和公正性。

3. 咨询专业律师：由于担保行为可能涉及复杂的法律问题和潜在风险，建议在做出决策前咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和指导。

综上所述，公司自然人股东为自己公司债务提供担保是否需要股东会通过，并没有一个绝对的答案。它取决于公司章程的规定、担保行为的具体情况以及公司内部的决策程序。因此，在实际操作中，应综合考虑各种因素，并遵循适当的程序来做出决策。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。