在处理与挂靠总包公司之间的费用问题时，若您认为存在不合理收费或需要追讨应得款项，可以遵循以下步骤来妥善处理，确保您的权益得到维护：

一、明确款项性质与依据

首先，您需要明确所追讨的款项性质，比如是工程款、管理费、保证金还是其他费用，并确认这些费用在挂靠合同中是否有明确约定。同时，收集好所有与款项相关的证据，如合同、发票、收据、转账记录以及沟通记录等，这些证据将对您后续的行动至关重要。

二、尝试友好协商

在采取任何正式行动之前，建议先与挂靠总包公司进行友好协商。您可以书面或口头形式明确指出款项的不合理之处或应支付而未支付的情况，并要求对方提供合理的解释和支付计划。书面沟通（如邮件、函件）更为推荐，因为它能留下明确的沟通记录，便于后续维权。

三、内部投诉与调解

如果协商无果，您可以考虑向挂靠总包公司的内部投诉渠道反映问题，如客服部门、投诉邮箱或投诉热线等。同时，也可以请求公司内部的调解机制进行调解，以寻求双方都能接受的解决方案。

四、向相关部门投诉

若内部投诉与调解未能解决问题，您可以根据挂靠总包公司所属行业，向相应的行业主管部门进行投诉。例如，如果是建筑行业，可以向当地住房和城乡建设局投诉；如果是运输行业，则向当地交通运输管理部门投诉。在投诉时，务必提交详细的证据材料，以证明公司的不当行为。

此外，您还可以向市场监督管理部门投诉，特别是如果认为挂靠总包公司的行为构成不正当经营或价格违法行为。同时，消费者协会也是一个可选的投诉渠道，您可以向当地消费者协会反映问题，或拨打12315热线进行投诉咨询。

五、考虑法律途径

如果上述非诉讼方式均未能解决问题，且您认为自己的权益受到了严重侵害，那么可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。在提起诉讼前，建议您咨询专业律师，了解相关法律规定、诉讼程序和可能的结果。在律师的指导下，准备充分的诉讼材料，包括起诉状、证据清单等，并向人民法院提起诉讼。

六、注意事项

在整个过程中，请保持冷静理性，避免情绪化的言辞和行为。同时，确保证据的真实性和有效性，因为这将直接影响您的投诉和维权结果。另外，及时关注投诉和诉讼的进展情况，与相关部门或机构保持沟通，并根据需要采取进一步行动。

总之，面对挂靠总包公司的不合理收费或未支付款项问题，您有权通过多种途径进行投诉和维权。在采取行动前，请务必收集好相关证据，并咨询专业人士的意见，以确保您的权益得到充分保护。